Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями.

  1. Работа с программой getorf пакета EMBOSS

    2. Файл с записью D89965 банка EMBL

    Команда 

     tfm getorf
    выдает полное описание команды getorf.
    Команда
    getorf -minsize 30 -table 11 -table 1 -sequence d89965.entret
    позволяет получить набор трансляций всех открытых рамок данной последовательности длиной более 30 нуклеотидов, считая открытой рамкой последовательность триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном, при использовании бактериального кода.
    Выходной файл программы.

    Из найденных открытых рамок приведённой в записи CDS соответствует пятая рамка, 13 рамка - приведенной в Swiss-Prot .

  2. Работа с программой Megablast.


    3. 1.Поиск гомологичных тРНК при помощи программы megablast.
    megablast -d all -i trna_ecoli.fasta -o megablast_trna -m 9
    2.Поиск гомологичных участков при помощи программы discontigоus blast.
    megablast -d all -i trna_ecoli.fasta -o megablast_trna -m 9 -D 2 -t 18 -W 11 -N 1
    -D -тип выдачи результатов
    -t -длина последовательности с учетом разрывов

  3. Минимальный анализ результатов

    4. Для выполнения задания выбрана пара valV из tRNA E.coli и гомологичного участка AE006129 из бактерии Pasteurella multocida (находка находится программой BLASTN, но не программой Megablast).

    Запись AE006129 банка ЕМВL:
    AC:AE006129, AE004439
    DE: Pasteurella multocida subsp. multocida str. Pm70 section 96 of 204 of the complete genome.
    OS:Pasteurella multocida subsp. multocida str. Pm70
    FT:Pasteurella multocida subsp. multocida str. Pm70 multocida PM70 genomic DNA taxon:272843

    Характеристики выравнивания программой needle.
    Length: 77
    Identity: 39/77 (50.6%)
    Similarity: 39/77 (50.6%)
    Gaps: 33/77 (42.9%)
    Score: 164.0

Главная страница

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

©Александра Литвинчук,2008