Поисковые системы.

  1. Задание 1.
    В задании предлагалось сравнить информацию о белке HSLV_ECOLI на трех различных дружественных сайтах http://mrs.genebee.msu.su/mrs-3/ , http://srs.ebi.ac.uk/ , http://www.expasy.ch/ .
    В целом,приведенная на этих сайтах инфориация о белке,совпадает,основные отличия наблюдаются в оформлении и дополнительных функциях.
    Наиболее приятное оформление,на мой взгляд,в MRS,сайт Expasy воспринимается с трудом и несколько "режет" глаза, SRS в целом приемлем.

    О качественном содержании:
    На всех сайтах достаточно большое количество различных ссылок,их наибольшее количество в SRS,здесь есть ссылки на статьи в различных форматах,что несомненно может помочь в работе.
    Кроме того,на всех сайтах есть ссылки на инфориацию о белке в различных базах данных,причем на сайтах MRS и SRS ссылки даны в неорганизованном порядке,тогда как на сайте EXPASY базы данных разделены по возможностям просмотра(базы,дающие информацию о последовательностях,о структуре и тд).

    Информация о последдовательности белка:
    В MRS при наведении на строку с информацией о вторичной структуре белка курсора соответствующие аминокислоты подчеркиваются,что весьма удобно.Можно также нажать на поле с обозначением вида вторичной структуры, и она будет отмечена желтым цветом.
    В SRS представлены те же поля с информацией о вторичной структуре,если нажать на одно такое поле,то на слдедующей странице откроется информация о длине и аминокислотном составе соответствующего элемента вторичной структуры.
    В Expasy те же поля,однако если нажать на длину определенного элемента вторичной структуры,мы получим лишь инфомацию о его аминокислотной последовательности в одно- и трехбуквенной форме,информация о длине не предоставлена( придется вычитать номер конца от намера начала)). Есть также функция Feature table viewer, позволяющая перейти на страницу,на которой можно посмотреть на схеме взаимное расположение элементов, можно также увеличить схему и получить информацию о соответствующих аминокислотных последовательностях.
  2. Задание 2.
      Названия таксонов ,начинающихся на "gam":
    • gambusia
    • gammaherpesvirinae
    • gammapapillomavirus
    • gammaproteobacteria(гамма-протеобактерия) - всего 69659 записи
    • gammaretrovirus
    • gammaridea

     
  3. Белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией белка HSLV_EColi:

    Запросы

    Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
    ATP-dependent protease hslV
    		([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Description:ATP-dependent*] & [swissprot-Description:protease*]) & [swissprot-Description:hslV*]) | [swissprot-Description:ATP-dependent protease hslV*]))
    		94
    Heat shock protein hslV
    		 ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & (((([swissprot-Description:Heat*] & [swissprot-Description:shock*]) & [swissprot-Description:protein*]) & [swissprot-Description:hslV*]) | [swissprot-Description:Heat shock protein hslV*]))
    		17

     
  4. Задание 4. Вариант запроса: ATP-dependent protease hslV AND gammaproteobacteria. Всего найдено 94 документа.Последовательности в fasta-формате.
  5. Дополнительное задание.
  6. Задание1.
    В заданиии требовалось найти статьи последних двух-трёх лет, в аннотациях которых упоминается белок HSLV_ECOLI.
    Всего найдено 43 статьи, в которых упоминается белок ATP-dependent protease hslV, а в период с 2005 года- 7 статей,среди которых нет ни одной,содержащей напрямую информацию кнкретно о моем белке( не всегда этот белок-белок E.COLI).
  7. Задание2.
    Сколько в MEDLINE статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах? Каков был круг интересов указанного автора?
    Вид запроса :([medline-Year#1970:1980] & [medline-Authors:ney*,a.a.*]).
    В период с 1970 по 1980 год опубликовано 9 статей А.А.Нейфаха(NEIFAKH A.A.)
    -миграция новосинтезированной РНК при митозе на примере эмбриональных клеток гольца;
    -миграция новосинтезированной РНК при митозе в фибробластах китайского хомячка;
    -пути реализации генетической информации на стадии раннего развития;
    -открытие способа контроля синтеза белков на ранних стадиях развития в клетках гольца и ежа нуклеиновыми кислотами:
    -миграция новосинтезированной РНК во время митоза: ядерная РНК в цитоплазме метафазной клетки;
    -миграция ново синтезированной РНК во время митоза: содержание меченной РНК в ядре до и после митоза в клетках Amoeba proteus;
    -экспрессия генов,контролирующих альдолазную активность при развитии эмбриона гольца,термоустойчивость как генетический маркер;
    -ядерная миграция в телофазе в клетках Misgurnus fossilis L.

Главная страница

Первый семестр.

Второй семестр.

©Александра Литвинчук,2008