Построение множественного выравнивания.

Выбранные гомологи белка HSLV_ECOLI.
Примечание: последний гомолог является сходным не на 45-35,а на 48% с исходным белком.
Выравнивание с помощью программы emma.
Выравнивание с помощью программы muscle.
Матрица попарного совпадения последовательностей, полученная на основе множественного выравнивания с помощью программы emma.
Множественное выравнивание,полученное при помощи программы emma:
Красных колонок(схожесть на 100%): 48.
Темно-голубых колонок(схожесть на 70%):72 .
Есть ярко выраженные консервативные участки, максимальная длмна-4 колонки.Например, GDGQ, GFAG, GSGG.
Сравнение выравниваний,полученных программами muscle и emma, с помощью программы Genedoc.
Оба выравнивания прктически полностью совпадают.Отличие лишь в небольшом участке в начале выравниваний: тирозин2,тирозин3 и изолейцин4 являются консервативными на 100% в выравнивании muscle и на 70% в emma, кроме того в выравнивании muscle есть дополнительная консервативная колонка -аргинин8.
Это происходит потому,что выравнивании muscle стоят гепы в самом начале.
Таким образом, выравнивания в целом очень схожи, но выравнивание muscle немного эффективнее.
Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей HSLV_THEMA и HSLV_BUCBP (схожесть 56%) с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием.
Все выравнивания идентично совпадают друг с другом,отличия лишь в постановке гэпов.