Парное выравнивание белковых последовательностей.
- Задание 1.
Ислодные последовательности:
>seq1
LVKAAVELAKDWRTDRMLR
>seq2
LPKAAVELAKDWRTDRMLR
Выравнивание последовательностей.
Процент идентичности двух последовательностей(отношение числа колонок выравнивания, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок (включая "гэповые"), умноженное на 100%)- 18/19= 94.7%.
Процент сходства двух последовательностей(отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%)- 18/19= 94.7%.
- Задание 2.Сравнение последовательности белка HSLV_ECOLI и последовательности seq1.
Query 72 LVKAAVELAKDWRTDRMLR 90
LVKAAVELAKDWRTDRMLR
Sbjct 1 LVKAAVELAKDWRTDRMLR 19
- Задание 3.Сравнение последовательности белка HSLV_ECOLI и последовательности белка HSLV_HAEIN.
Identities = 139/173 (80%), Positives = 153/173 (88%), Gaps = 1/173 (0%)
Первое выравнивание.
Query 1 MTTIVSVRRNGHVVIAGDGQATLGNTVMKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFEL 60
MTTIVSVRRNG VV+ GDGQ +LGNTVMKGN +KVRRLYN KV+AGFAGGTADAFTLFEL
Sbjct 1 MTTIVSVRRNGQVVVGGDGQVSLGNTVMKGNARKVRRLYNGKVLAGFAGGTADAFTLFEL 60
Второе выравнивание.
Query 61 FERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDRMLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPEND- 119
FERKLEMHQGHL+K+AVELAKDWRTDR LRKLEA+L VADE SLIITG GDVVQPE D
Sbjct 61 FERKLEMHQGHLLKSAVELAKDWRTDRALRKLEAMLIVADEKESLIITGIGDVVQPEEDQ 120
Третее выравнивание.
Query 120 LIAIGSGGPYAQAAARALLENTELSAREIAEKALDIAGDICIYTNHFHTIEEL 172
++AIGSGG YA +AARAL+ENTELSA EI EK+L IAGDIC++TN TIEEL
Sbjct 121 ILAIGSGGNYALSAARALVENTELSAHEIVEKSLRIAGDICVFTNTNFTIEEL 173