Парное выравнивание белковых последовательностей.

  1. Задание 1.
    Ислодные последовательности:
    >seq1 LVKAAVELAKDWRTDRMLR
    >seq2 LPKAAVELAKDWRTDRMLR
    Выравнивание последовательностей.
    Процент идентичности двух последовательностей(отношение числа колонок выравнивания, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок (включая "гэповые"), умноженное на 100%)- 18/19= 94.7%.
    Процент сходства двух последовательностей(отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%)- 18/19= 94.7%.
  2. Задание 2.Сравнение последовательности белка HSLV_ECOLI и последовательности seq1.
    Query 72 LVKAAVELAKDWRTDRMLR 90
    LVKAAVELAKDWRTDRMLR
    Sbjct 1 LVKAAVELAKDWRTDRMLR 19
  3. Задание 3.Сравнение последовательности белка HSLV_ECOLI и последовательности белка HSLV_HAEIN.
    Identities = 139/173 (80%), Positives = 153/173 (88%), Gaps = 1/173 (0%)
    Первое выравнивание.
    Query 1 MTTIVSVRRNGHVVIAGDGQATLGNTVMKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFEL 60
    MTTIVSVRRNG VV+ GDGQ +LGNTVMKGN +KVRRLYN KV+AGFAGGTADAFTLFEL
    Sbjct 1 MTTIVSVRRNGQVVVGGDGQVSLGNTVMKGNARKVRRLYNGKVLAGFAGGTADAFTLFEL 60
    Второе выравнивание.
    Query 61 FERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDRMLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPEND- 119
    FERKLEMHQGHL+K+AVELAKDWRTDR LRKLEA+L VADE SLIITG GDVVQPE D
    Sbjct 61 FERKLEMHQGHLLKSAVELAKDWRTDRALRKLEAMLIVADEKESLIITGIGDVVQPEEDQ 120
    Третее выравнивание.
    Query 120 LIAIGSGGPYAQAAARALLENTELSAREIAEKALDIAGDICIYTNHFHTIEEL 172
    ++AIGSGG YA +AARAL+ENTELSA EI EK+L IAGDIC++TN TIEEL
    Sbjct 121 ILAIGSGGNYALSAARALVENTELSAHEIVEKSLRIAGDICVFTNTNFTIEEL 173