Работа в командной строке Linux. Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS.

1. Задание 1.
   Команда "ls" :
   ChemSketch.xls pdb1cyo.ent public_html snagit.exe.filepart test_rasmol.html
   Credit3.doc probe PUTTY.RND Term1 winscp.RND
   P0A7B8.txt Profile Report.xls Term2
   показывает папки в 1 директории.
   Команда "ls ..":
   показывает список логинов студентов первого курса нашего факультета,
   aelita cherry1989 franzlutzov kiraly lile4ka mashunia plazmoliz step_vita
   alisikfox90 da_shal jane_tikhonova kolesnikova loontic molotok robo_tema svetra
   asya17_0456 desislava jene4ka_13 krasniimak89 lupus nrar scorper terekhanova
   bennigsen entian jimsonweed89 lesiad manyashka pashtetbor silwer ushaloxstii314
   Команда "cd .."
   /home/students/y07$
   Если далее набрать "ls" ,то опять получим список логинов студентов первого курса нашего факультета,
   Команда "pwd":
   /home/students/y07/aelita
   Команда показывает общий путь к файлам папки aelita.
   
2. Задание 2.
   Последовательно выполняя команды(увы,это получилось у меня только с помощью преподавателя) seqret sw:poa7b8 -auto, ls и more poa7b8.txt, вот что я увидела содержание файла poa7b8.txt банка swiss-prot.
   Последовательно выполняя команды entret sw:poa7b8 -auto, ls и more poa7b8.txt, вот что я увидела :содержание файла poa7b8.txt банка swiss-prot.(практически тоже самое).
   
3. Задание 3.
   Клавиши "стрелка верх" и "стрелка вниз"позволяют вернуться к набранным в хоже работы командам.
   Команда "history" выдает список команд,которые были сделаны за весь процесс работы с kodomo-count(c cамого первого занятия)).
   Имя такого файла task1.html (practice1).Исходная директория- practice1. После нажатия клавиши Tab прогамма отображает полное название файла,а после нажатия клавиши Enter-содержание файла.
   
4. Задание 4.
   Исходный файлы:hslv_haein.fasta, hslv_ecoli.fasta и файлы haein-ecoli.needle(1) ,eco-haein.needle(2)( изменение: Gap_penalty: 20.0,Extend_penalty: 1.0) и Hslv_ecohaein.needle( в формате msf).
   Результат сравнения последовательностей в файлах (1) и (2):выравнивания произведены одинаково,совпадают все характеристики,за исключением score((1)-689, (2) -679).
   

Главная страница

Первый семестр.

Второй семестр.

©Александра Литвинчук,2008