Матрица попарного сходства последовательностей выборки |
CAH2_FLALI CAH2_ARATH CAN_ECOLI CAN_HAEIN CAH2_FLALI 100% CAH2_ARATH 53% 100% CAN_ECOLI 19% 15% 100% CAN_HAEIN 20% 16% 58% 100% |
Выравнивание 4 потенциальных ортологов белка CAN_ECOLI.
Консервативные участки связывания лиганда выделены синей рамкой и красным шрифтом.
Наблюдения и Выводы
Область контакта белка с лигандом (цинком) полностью консервативна (аминокислотные остатки ala67, cys42, his98, asp44, gly102, cys101, gly103). Это можно объяснить несколькими факторами:
1) Возможно, все дело в малой выборке (известно только 4 ортологичных друг другу белка).
2) Потенциально контактирующих с цинком аминокислотных остатков немного - только 7, и из них два глицина и один аланин, которые, скорее всего, мало влияют на взаимодействие лиганда с белком.
3) Скорее всего, это связано с важной функцией белка, катализирующего постоянно протекающую в организмах реакцию дегидратации угольной кислоты, в чем участвует и цинк.
Область взаимодействия лиганда (атома цинка), с белком CAN_ECOLI.
Большой коричневый шарик атом цинка, аминокислотные остатки вкруг него консервативные контактирующие с ним.