Возврат на главную страницу четвертого семестра

Онтологии. GO. Функции белков

Результаты упражнения 1

Используемый термин	Связывание цАМФ (cAMP binding)
Идентификатор GO	GO:0030552
Число синонимов	4 (все exact)
Определение термина	Селективное взаимодействие с нуклеотидным циклическим АМФ(аденозин-3',5'-циклофосфатом)
Количество родителей	is_a-связей – 2; part_of-связей – 0.
Количество дочерних терминов	0

Различие терминов is_a и part_of на основании полученного графа невозможно — в нем нет связей part_of.

Связь is_a устанавливается в случае, если дочерний термин является частным случаем родительского, причем родительский полностью содержит в себе дочерний (например, nucleotide binding (связывание нуклеотидов) целиком содержит в себе cyclic nucleotide binding (связывание циклических нуклеотидов)).

Связь part_of устанавливается в более сложных случаях. В GO это два варианта:

Когда дочерний термин, если он появляется, всегда является частью материнского, но материнский сам по себе не обязан содержать дочерний (например, аминоацил-тРНК-синтетазный полиферментативный комплекс (см. граф) всегда является внутриклеточным, но "внутриклеточный компонент" не обязан содержать его);
Когда материнский термин всегда подразумевает дочерний, а дочерний, в свою очередь, всегда является частью материнского (как, например, ядро и ядерная оболочка).

Результаты упражнения 2

В задании предлагалось исследовать качество аннотации определенной группы белков из определенного организма (а именно, вакуолярных белков Arabidopsis thaliana).

Протеом Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 10.03.2006 г.

Количество белков Запрос

Всего 46013 (([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*])

С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 6137 (((([uniprot-DBxref:F:*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:C:*]) > parent ) & (([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]))

В том числе белков вакуолей 5 (((([uniprot-DBxref:*F:*] & [uniprot-DBxref:*P:*]) & [uniprot-DBxref:*C:vacuole*]) > parent ) & (([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]))

В том числе только с самым хорошими доказательствами 0

В том числе только с самыми плохими доказательствами 5 ((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & (([uniprot-AllText:*F:*] & [uniprot-AllText:*P:*]) & (((((((([uniprot-AllText:*C:vacuole*] & [uniprot-AllText:iea.*]) ! [uniprot-AllText:imp.*]) ! [uniprot-AllText:igi.*]) ! [uniprot-AllText:ipi.*]) ! [uniprot-AllText:iss.*]) ! [uniprot-AllText:iep.*]) ! [uniprot-AllText:tas.*]) ! [uniprot-AllText:ida.*])))

Используя стандартную иерархию кодов доказательств, можно сделать вывод, что данная группа белков описана недостаточно точно. Все найденные белки имели код достоверности IEA, т.е. данные о них были взяты из некой базы без какой-либо проверки.

Информация о белке CRP_ECOLI с ресурса EcoCyc

Сrp — это состоящий из двух частей транскрипционный регулятор, принадлежащий к семейству CRP. Это основной глобальный регулятор чувствительных к продуктам катаболизма оперонов и он контролирует свой собственный синтез. Этот регулятор вызывает сильное изгибание ДНК и способен регулировать экспрессию более чем 200 генов.

Слева приведена схема реакции, в которой участвует белок Сrp. Эта реакция показывает, что данный белок является белком-рецептором цАМФ. Его функционирование можно описать так:

ГДЕ? В цитоплазме;
ДЛЯ ЧЕГО? Чтобы связавшись с лигандом осуществлять регуляцию экспрессии многих генов, в том числе и собственного;
ЧТО? Связывается с лигандом, затем с ДНК;
С ЧЕМ? С цАМФ, с ДНК.