Белки-ферменты хорошо изучены, и в качестве идентификатора, который указывал бы на функциональную принадлежность фермента к определенному классу, используется так называемый EC (Enzyme Commission). Он состоит из четырех чисел, между которыми стоят точки. При этом первая цифра дает наиболее обобщенное представление о ферменте (например, является ли он гидролитическим или изомеразным), а остальные конкретизируют информацию (например, какая группа является донорной в окислительно-восстановительной реакции или какой конкретно субстрат переносится).
Информация о том, какой код соответствует какой функции, может быть найдена на сайте IUPAC.
Международный Союз по теоретической и прикладной химии (IUPAC) был организован в 1919 году химиками, занимающимися как теорией химии, так и проблемами производства (см. ссылку).
Международная комиссия по номенклатуре ферментов была организована в 1956 году Президентом Международного Союза по биохимии после того, как накануне (в августе 1955 года) в Брюсселе на третьем международном конгрессе по биохимии было решено основать ее. (см. ссылку).
Последние изменения (новые ферменты – протеинкиназы) были внесены в базу в декабре 2005 года. (см. ссылку).
|
|
DDT | 
GSH (L-глутатион восстановленный, L-γ-глутамил-L-цистеинилглицин) |
AMP (аденозинмонофосфат) | 
Аллицин (Allicin) |
Минимальный оптимум pH лежит от 6.3 до 8.5, а максимальный составляет 10.2 (см. таблицу выше). |
Данный фермент подвергается следующим видам посттрансляционной модификации (см. ссылку на соответствующую таблицу в документе из базы данных Brenda):
Данный фермент может иметь следующую субъединичную структуру (см. ссылку):
В базе данных Brenda нет указаний на болезни человека, так или иначе связанные с данным ферментом (см. ссылку). Однако данный фермент может имееть отношение к болезни Альцгеймера. Подробнее об этом можно прочитать на сайте PubMed.
С помощью SRS в банке Swiss-Prot был проведен поиск по полям ID и ECNumber. Слева в окне был выбран удобный для просмотра и сравнения доменной структуры способ отображения результатов (SW_InterProMatches). Структура запроса следующая:
Query "([swissprot-ECNumber:6.2.1.1*] & (([swissprot-ID:*_ECOLI*] | [swissprot-ID:*_HUMAN*]) | [swissprot-ID:*_Metja*])) "В результате было найдено 5 последовательностей. Для их доменов Pfam были определены идентификаторы и положения в последовательности. Полученные данные сведены в следующую таблицу:
| Номер файла Seq (в скрипте) | ID последовательности | AC последовательности | Идентификатор домена Pfam | Положение в последовательности |
| 1 | ACS2L_HUMAN | Q9NUB1 | PF00501 | 142-580 |
| 2 | ACSA_ECOLI | P27550 | PF00501 | 109-547 |
| 3 | ACSA_HUMAN | Q9NR19 | PF00501 | 137-599 |
| 4 | PRPE_ECOLI | P77495 | PF00501 | 85-525 |
| - | BIOW_METJA | - | PF03744 | 3-237 |
На основании той информации, которая приведена в базе данных Pfam для доменов PF00501 (общий для четырех найденных последовательностей) и PF03744 (встречающийся только в последовательности BIOW_METJA), можно точно сказать, что эта последовательность (выделена в таблице красным) была включена в выборку из-за несовершенства сделанного запроса. Дело в том, что домен PF03744 характерен для 6-карбоксигексанат-КоА-лигазы (EC 6.2.1.14), и этот EC подходит к сделанному запросу потому, что в запросе не требуется точного соответствия, а достаточно частичного.
Сравнение последовательностей гомологичного домена будет проводиться для первых четырех последовательностей. Вначале с помощью программы seqret были получены нужные фрагменты из них (начало и конец домена для каждой последовательности вводились вручную):
seqret sw:Q9NUB1 -sask seqret sw:P27550 -sask seqret sw:Q9NR19 -sask seqret sw:P77495 -saskЗатем полученные файлы были переименованы в соответствии с нумерацией, указанной в таблице выше.
|
В таблице слева в % приведена попарная идентичность последовательностей
гомологичных доменов ферментов с одинаковыми EC. С одной стороны, для таких
далеких организмов, как E.coli и человек, такая идентичность может казаться
большой. И последовательности можно было бы считать довольно консервативными, если бы
не тот факт, что две последовательности человека имеют примерно такой же процент
идентичности, как и последовательности человека и E.coli. Еще один
интересный факт — у всех последовательностей попарное сходство намного выше
попарной идентичности.
Я могу предположить, что это связано со следующим: последовательности доменов не являются консервативными, но число замен на несходную аминокислоту и делеций в них ограничено, скажем, необходимостью сохранять некий высококонсервативный активный центр. Поэтому проценты идентичности как у далеких гомологов (домены E.coli и человека), так и у близких (два домена E.coli) примерно одинаковы, а проценты сходства (Similarity) намного их превосходят. |
ENZYME — это хранилище информации, связанной с номенклатурой ферментов. В основе его лежат рекомендации Номенклатурного Комитета IUBMB. В ENZYME описывается каждый тип охарактеризованного фермента, для которого был предложен EC. Является составной частью ExPASy.
