Получение информации из базы данных Pfam и ее анализ

Описание доменной структуры белка CRP_ECOLI

Идентификатор Pfam	Сокращенное название	Полное название	Положение в последовательности (а.о.)
PF00027	cNMP_binding	Домен, связывающий циклические нуклеотиды	c 19 по 112
PF00325	Crp	Бактериальные регуляторные белки , семейство crp	с 166 по 197

В базе данных Pfam доменная структура моего белка отображается следующим образом: на N-конце находится домен cNMP_binding, отмеченный на приведенной вверху схеме зеленым прямоугольником, и на С-конце расположен домен Crp, обозначенный красным. Название документа PDB — 2CGP.

Описание семейства доменов, к которому принадлежит домен cNMP_binding

Белки, которые связывают циклические нуклеотиды (cAMP или cGMP) содержат структурный домен из 120 или более аминокислотных остатков. Наиболее хорошо изучены из них прокариотические белки-активаторы катаболитических генов, в которых этот домен, как известно, состоит из трех α-спиралей и так называемой "β-бочки" — особой структуры из 8 β-листов). В этом домене имеются 6 строго консервативных аминокислот, три из которых - глицины, которые предположительно необходимы для поддержания структурной целостности β-бочки.

сAMP- и cGMP-зависимые белковые киназы (cAPK и cGPK) содержат два расположенных один за другим одинаковых домена связывания циклических нуклеотидов. Киназы типа cAPK состоят из двух различных субъединиц, каталитической цепи и регуляторной цепи; последняя содержит обе копии домена. Киназы cGPK представляют собой одноцепочные ферменты, которые содержат обе копии домена на N-конце.

У позвоночных ионные каналы типа cyclic nucleotide-gated также имеют этот домен. Два таких катионных туннеля были полностью характеризованы, и один из них найден клетках сетчатки глаза (палочках), где они участвуют в передаче визуального сигнала.

Таксон Количество белков с доменом PF00027 Растения 97 Эукариоты Грибы 45 Животные 288 Бактерии 689 Археи 1

Слева представлено распределение белков, содержащих исследуемый домен, по различным высшим таксонам. Сопоставить его распостраненность в белках эукариот и бактерий затруднительно из-за несопоставимости количеств генов этих групп организмов. Всего белков с доменом типа cNMP_binding — 1562. Чаще всего такой домен встречается в сочетании с другими; известны случаи его дупликации (например, в белке Q8MMP4_TOXGO (Toxoplasma gondii) имеется 4 таких домена). Чаще всего, домен cNMP_binding находится на N-конце цепи, но в некоторых белках, этот порядок нарушается (так, домен ABC_tran в Q7UTR3_RHOBA (Rhodopirellula baltica) находится на первом месте).