Работа с базой данных InterPro

Анализ информации об N-концевом домене белка CRP_ECOLI

• Идентификатор документа — IPR000595;
• Название документа — Cyclic nucleotide-binding;
• В базе данных InterPro имеется 1610 белков, содержащих подпись IPR000595;

Данный документ создан на основании следующих подписей:

Слева приведено описание отношений родства изучаемой подписи IPR000595 и других подписей. Эта схема показывает, что белки, в которых содержатся первые четыре подписи, могут быть полностью описаны подписью IPR000595. О последних двух этого сказать нельзя. Перекрывания по аминокислотам в подписях нет.

Описание всех подписей в белке CRP_ECOLI, собранных в базе InterPro

Название подписи Положение в последовательности CRP_ECOLI Полное название базы данных Название организации, поддерживающей данную БД Город и страна cNMP_binding 19-112 Pfam The Wellcome Trust Sanger Institute Великобритания, Кэмбридж CNMP_BINDING_1 30-46 PROSITE CNMP_BINDING_2 71-89 PROSITE Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева CNMP_BINDING_3 24-124 PROSITE cNMP_binding 3-137 SUPERFAMILY MRC Laboratory of Molecular Biology Stanford University Великобритания, Кэмбридж США, Стэнфорд Crp 166-197 Pfam The Wellcome Trust Sanger Institute Великобритания, Кэмбридж HTHCRP 166-182 182-197 SPRINT University of Manchester Bioinformatics Research and Education Великобритания, Манчестер HTHFIS 75-92 174-194 SPRINT University of Manchester Bioinformatics Research and Education Великобритания, Манчестер Wing_hlx_DNA_bd 139-206 Gene3D DDL HTH_CRP_2 138-210 PROSITE Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева

Ниже приведена схема расположения подписей согласно различным базам данных. Информация взята с сайта InterPro. Слева в таблице содержится более подробная информация о каждой подписи.