На главную страницу третьего семестра Dist comparison

Сравнение разных способов оценки эволюционных расстояний между гомологичными нуклеотидными последовательностями

Цель: определить границы применимости 2-х способов оценки эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями:
1) простейшего способа оценки расстояния как доли несовпадающих нуклеотидов;
2) оценки расстояния по методу Джукса — Кантора.

Три матрицы расстояний

В матрице истинных расстояний приведены расстояния между всеми узлами моего дерева, включая исходную последовательность гена TRUB_ECOLI. Расстояния определены как число мутаций, разделяющих последовательности (число мутаций на 100 п.н.).

Для получения матрицы мспользовалась программа distmat пакета EMBOSS с указанием пункта 0 меню (uncorrected distances). В качестве входных данных программа distmat использовала множественное выравнивание всех листьев и корня (ген TRUB_ECOLI) моего дерева, построенное с помощью программы emma с параметром -gapopen 100.0. Большое значение параметра -gapopen использовалось для получения выравнивания, не содержащего гэпов. Гэпы не должны содержаться в множественном выравнивании, так как при получении мутантных последовательностей не использовались делеции и вставки, а лишь — замены нуклеотидов.

Для построения матрицы мспользовалась программа distmat пакета EMBOSS с указанием пункта 1 (используется метод Джукса — Кантора") меню. В качестве входных данных программа distmat использовала множественное выравнивание всех листьев и корня (ген TRUB_ECOLI) моего дерева, построенное с помощью программы emma с параметром -gapopen 100.0.

График зависимости 2-х оценок расстояния от величины "истинного" расстояния

На графике представлена зависимость двух оценок расстояний (uncorrected distances, Jukes — Cantor) от величин "истинных" расстояний в модельном дереве гена, кодирующего белок TRUB_ECOLI. Можно заметить, что в диапазоне от 0 до 50 н. о. полученные оценки эволюционных расстояний, близки к "истинным". Расстояния, рассчитанные методом Jukes — Cantor, наиболее близки к "истинным".

На главную страницу третьего семестра