Структура тРНК

PDB-код 1qu3. Дана структура изолейциновой тРНК из организма Staphylococcus aureus. Идентификатор цепи тРНК: T. Кроме молекулы тРНК в состав данной структуры входит молекула белка изолейцил-тРНК синтетаза(цепь А). Кроме того в структуре имеются ион цинка, вода, mupirocin, pseudomonic acid.
В нумерации цепи РНК имеются вставки (insertion codes). Например, есть номер остатка 121А (урацил), причём находящийся в составе белка. Последовательность тРНК, входящей в состав моей структуры приведена ниже: 
GGGCUUGUAGCUCAGGUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCCAC
В программе RasMol при помощи скрипта tRNA.scr была изображена цепь тРНК в остовной модели, найденные спирали покрашены в разные цвета, при атомах фосфора 5'-концевого и 3'-концевого нуклеотидов подписаны номера остатков. 
background white
restrict rna
wireframe off
backbone
define helix1 1-7:T, 49-55:T, 61-72:T, 18:T, 58:T
define helix2 36:T, 38-44:T, 10-15:T, 18:T,
19:T, 22-33:T, 8:T, 48:T, 56:T
select helix1
color green
select helix2
color red
select atomno==7135
label "5'" 
select atomno==8706
label "3'"
В составе данной структуры было найдено два примера внеспирального стекинг-взаимодействия между основаниями.

Было найдено несколько примеров водородных связей между основаниями, не сводя щиеся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований.
Спираль РНК наиболее похожа на А-форму ДНК. Спираль правая. Визуально видно, что ширина большой бороздки в спирали РНК меньше, чем ширина малой. Кроме того при взгляде с торца на спираль видна "дыра". Кроме того, на один виток спирали приходится 11 оснований.

Программа einverted

Программа einverted из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные последовательности в НК. С помощью данной программы были найдены двуспиральные участки в последовательности исследуемой РНК. Также как и в 3D структуре было найдено 2 таких участка, что не может не радовать. Интересно то, что длина двуспиральных участков, выданных программой einverted меньше, чем длина спиральных участков, найденных с помощью программы find_pair. Программа einverted ищет двуспиральные участки по последовательности нуклеотидов, поэтому спирали, выделенные с помощью einverted более ровные. Спирали, выделенные программой find_pair получились "разорванными".

Программа mfold

Данная последовательность тРНК была проанализирована с помощью программы mfold. При запуске программы менялся один параметр Р, который указывает на сколько процентов выдаваемое предсказание структуры может отличаться по своей вычисленной энергии от отимального. Чем больше значение этого параметра, тем больше вариантов предсказания, выданных программой. Было взято значение параметра равное 20. Программа выдала 7 вариантов предсказания вторичной структуры. Наиболее близкое к реальности по моему мнению следующее изображение. Она имеет форму "клеверного" листа. Остальные выглядят как линейные двойные спирали с выпетливаниями.