В выдаче программы порядковый номер 1 Score=853 bits (2203) E Value=0.0 Поиск был повторён с той же входной последовательностю. В качестве банка был указан pdb. Для первой находки в списке pdb-код 1L8Q, идентификатор цепей A, Score= 199 bits (507), E-Value=8e-52, Identities=129/324 (39%). Начало и конец выравнивания во входной последовательности соответственно 132 и 455, в находке 4 и 309.
В результате поиска последовательности в банке SwissProt было выдано большее количество результатов, чем во втором случае (и с большей скоростью). Это можно объяснить тем, что не для всех последовательностей известна третичная структура.
Был проведён поиск в банке swissprot программой BLASTP. На входе была подана последовательность из файла secondprot.fasta. Белок DNAA_ECOLI в списке оказался 10-м. E-Value=0.0. Score 640 bits (1674). Identities = 322/466 (69%). Начало и конец выравнивания во входной последовательности соответственно 1 и 453, в находке 1 и 466.
Первый белок в списке оказался тем, чья последовательность была подана на входе.
Был проведён поиск в банке swissprot программой BLASTP. На входе была подана последовательность из файла thirdprot.fasta.Порядковый номер моего белка 3.E-Value 5e-06. Score = 48.1 bits (113). Identities 20/20 (100%). Начало и конец выравнивания во входной последовательности соответственно 1 и 20, в находке 41 и 60.
Белок DNAA_ECOLI оказался в списке третьим. Хотя на входе была подана последовательность состоящая из вырезанных аминокислот моего белка. Это можно объяснить тем, что была взята слишком короткая последовательность. Для того, чтобы порядковый номер был первым надо взять более длинную последовательность.
Был проведён поиск последовательности белка DNAA_ECOLI при использовании программы BLASTP на сервере EBI:http://www.ebi.ac.uk/blastall/. Было найдено 50 последовательностей. Порядковый номер DNAA_ECOLI первый. E-Value 0.0. Score 2390. Identity 100%. Также поиск был осуществлён на сервере пастеровского институтаhttp://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/blast2-simple.html . Результат было предложено получить по почте.Приятно было обнаружить письмо с результатами выравнивания у себя на почте.
С помощью программы BLASTP был проведён поиск по банку данных Swiss-Prot для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis. В данном задании ортологами являются последовательности, в названии которых стоит RbsR. В результате был получен список:
gi|2851638|sp|P36944|RBSR_BACSU Ribose operon repressor 610 2e-174 gi|20139764|sp|Q9K6K2|RBSR_BACHD Ribose operon repressor 254 3e-67 gi|20139702|sp|Q9CF41|RBSR_LACLA Ribose operon repressor 241 2e-63 gi|1173387|sp|P43472|SCRR_PEDPE Sucrose operon repressor (Scr op 151 3e-36 gi|115950|sp|P25144|CCPA_BACSU Catabolite control protein A (... 148 3e-35 gi|3024530|sp|Q45831|REGA_CLOSA HTH-type transcriptional regulat 147 6e-35 gi|37999777|sp|Q9CPA2|RBSR_PASMU Ribose operon repressor 142 1e-33 gi|3023459|sp|Q56194|CCPA_STAXY Probable catabolite control prot 135 2e-31 gi|26007033|sp|Q54430|SCRR_STRMU Sucrose operon repressor (Scr o 135 2e-31 gi|18202290|sp|P58258|REGA_CLOAB HTH-type transcriptional regula 133 7e-31 gi|1168844|sp|P46828|CCPA_BACME Glucose-resistance amylase re... 132 1e-30 gi|585043|sp|P37947|DEGA_BACSU HTH-type transcriptional regulato 131 2e-30 gi|82581649|sp|P0ACP0|CYTR_SHIFL HTH-type transcriptional rep... 130 4e-30 gi|38604814|sp|Q8CNV8|CCPA_STAES Probable catabolite control ... 130 4e-30 gi|1172870|sp|P44329|RBSR_HAEIN Ribose operon repressor 130 6e-30 gi|82582997|sp|P0ACQ3|RBSR_SHIFL Ribose operon repressor >gi|... 127 5e-29 gi|82582278|sp|P0ACP9|PURR_SHIFL HTH-type transcriptional rep... 125 1e-28 gi|7388031|sp|O68446|PURR_SALTY HTH-type transcriptional repr... 125 2e-28 gi|119334|sp|P27871|ENDR_PAEPO Probable HTH-type transcriptional 125 2e-28Мы видим, что в списке 5 ортологов: 3 в начале списка и 2 далее, но есть и белки, имеющие схожие функции. То есть для поиска ортологов не вполне подходит.