Четвёртый семестр

Классификация функций. Ферменты.

Номенклатура IUPAC


   Заданный код фермента— 2.6.1.52.

   Расшифровка:


   Информация об IUPAC и IUBMB:

   Организация IUPAC была создана в 1919 году.
   Международная комиссия по номенклатуре ферментов была создана в 1956.
   Последнее дополнение к номенклатуре ферментов было принято в декабре 2005 года.

Информация Brenda


   Ферментативная реакция:

   Найдено 186 ферментов с кодом 2.6.1.52.

   Ингибиторы ферментов (6 штук):

Удивительно, что ингибитором фермента фосфосерин аминотрансфераза является сам фосфосерин.

   Активаторы ферментов: не найдено.

   Оптимум pH — 6.8-8.15

Болезней человека, связанных с данным ферментом, не найдено. Субъединичная структура: димер. Пострансляционные модификации не описаны.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

Запрос: Query "([swissprot-ECNumber:2.6.1.52*] & (([swissprot-ID:*_Ecoli*] | [swissprot-ID:*_Human*]) | [swissprot-ID:*_Metja*]))"

Организм Положение домена из Pfam (PF00266) в аминокислотной последовательности фермента
Escherichia coli K-12 3-349
Methanococcus jannaschii нет
Homo sapiens 7-357

Для получения последовательностей доменов и проведения выравниваний были использованы следующие команды UNIX:

extractseq sw:SERC_ECOLI
extractseq sw:SERC_HUMAN
needle serc_ecoli.fasta serc_human.fasta 

Выравнивание:

Название домена: Aminotran_5 (один домен). Из выравнивания (идентичность 48%) можно сделать вывод, что доменные структуры белков SERC из кишечной палочки и человека различаются не так сильно, как это можно было предположить, учитывая эволюционную отдаленность организмов. Не сильно отличается и положение домена в белке. Следовательно, функция домена сохранена.

Что можно найти в ENZYME?

   ENZYME — база данных ферментативной номенклатуры Швейцарского Института Биоинформатики.
   Для каждого типа ферментов содержится следующая информация:

Четвёртый семестр


© Снегирёв Александр, 2006