Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку CYOB_ECOLI
- Идентификатор блока — PR01165A
- Cytochrome c oxidase subunit I signature
- Ширина блока — 26
- Количество последовательностей — 179
- Веб-страница блока
- Выравнивание блока выполнено с помощью программы GeneDoc. Цветом отображена степень консервативности колонок в соответствии с 4 уровнями консервативности: более 80% идентичности — красным, более 60% идентичности — синим, более 40% идентичности — зелёным, ниже 40% идентичности — жёлтым.
Веса аминокислотных замен
Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока PR01165A из базы данных BLOCKS Пара аминокислот nαβ Pαβ qα qβ sαβ Glu-Glu 0 0 2,75*10-3 2,75*10-3 -∞ Glu-Gln 20 9,97*10-5 2,75*10-3 2,8*10-3 5,389326 Glu-Leu 33 1.65*10-4 2,75*10-3 0,10548 -3,62787
Условные обозначения:
N — общее число пар;
nαβ — общее количество пар в выравнивании;
pαβ — частота пары;
qα — частота аминокислоты α в паре;
qβ — частота аминокислоты β в паре;
sαβ — вес аминокислотной замены.Формулы для вычисления весов замен:
N = 200512;
pαβ = nαβ/N;
qα = pαα + Σ(pαβ/2) — сумма берётся по остальным 19 остаткам;
sαα = 2*log2(pαα/qα2);
sαβ = 2*log2(pαβ/2*qα*qβ).Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS Пара аминокислот nαβ Pαβ qα qβ sαβ Glu-Glu 3394413 1,48*10-2 5,67*10-2 5,67*10-2 4,405512 Glu-Gln 1729724 7,55*10-3 5,67*10-2 4,23*10-2 1,308797 Glu-Leu 1337169 5,83*10-3 5,67*10-2 8,15*10-2 -1,32945 - N=229168446.
Сравнение весов аминокислотных замен Пара аминокислот Блок PR01165A 200 блоков BLOSUM62 Glu-Glu -∞ 4,405512 5 Glu-Gln 5,389326 1,308797 2 Glu-Leu -3,62787 -1,32945 -3 - Как видно из приведенных таблиц некоторые результаты являются сходящимися, но некоторые довольно значительно различаются. При этом стоит отметить, что веса аминокислотных замен при использовании 200 блоков более близки к таковым в BLOSUM62. Данную закономерность можно объяснить просто, если учесть, что общее число пар составляет астрономическое число. Очень странным кажется полное отсутствие пар Glu-Glu в блоке PR01165A, хотя можно показать, что Glu довольно редкая аминокислота, но тем и ценнее вес замены Glu-Glu, равный 5. Вес замены пары Glu-Gln в блоке PR01165A превысил аналогичные замены в BLOSUM62 более, чем два раза, а среди 200 блоков так и во все 4. Это можно объяснить как раз предыдущим пунктом. Возможно в PR01165A произошла мутация, в результате которой некоторые глутаминовые кислоты были заменины близким глутамином. Что касается пары Glu-Leu, то здесь итак всё ясно, если сравнить структурные формулы этих аминокислот. Об этом свидетельствуют и полученные отрицательные значения весов замен в паре Glu-Leu, причем, что интересно, в блоке PR01165A оно оказалось даже ближе к данным BLOSUM62.
©Снегирёв Александр, 2005 - Выравнивание блока выполнено с помощью программы GeneDoc. Цветом отображена степень консервативности колонок в соответствии с 4 уровнями консервативности: более 80% идентичности — красным, более 60% идентичности — синим, более 40% идентичности — зелёным, ниже 40% идентичности — жёлтым.