Общее число ферментов с кодом EC 2.3.3.1 — 276.
Схема ферментативной реакции:
Ингибиторы фермента 2.3.3.1
У данного фермента довольно много ингибиторов - более 40. Среди них такие как 2-оксоглютарат, Ацетил-КоА, АМФ, АТФ, CuSO4, хлориды Mg и Mn,
пропионил-КоА и др.
Ниже приведены некоторые ингибиторы:
Оптимум рН для фермента EC 2.3.3.1 представлен ниже. Он различен для разных организмов и лежит в пределах от 7 до 8,6.
Все известные заболевания,связаные с работой фермента 2.3.3.1, вызваны плохой работой этого фермента.(подробнее)
Посттрансляционные модификации, характерные для фермента EC 2.3.3.1, не определены.
В 3 организмах (Escherichia coli, Methanococcus jannaschii, Homo sapiens) в базе данных белковых последовательностей Swiss-Prot был произведен поиск ферментов с кодом EC 2.3.3.1 по следующему запросу:
"((([swissprot-EntryName:*_Ecoli*] | [swissprot-EntryName:*_Human*]) |
[swissprot-EntryName:*_Metja*]) & [swissprot-ECNumber:2.3.3.1*]) "
В результате было найдено 7 белков - 2 из Ecoli (P0ABH7 и P09151),
2 из Metja (Q57926 и Q58595),
и 3 из Human (O75390, Q01581 и P54868).
Найденные белки содержат различные домены описанные в Pfam - Citrate_synt, HMG_CoA_synt_N, HMG_CoA_synt_C, HMGL-like, LeuA_dimer.
Для сравнения выбран домен Citrate_synt, его Идентификатор в InterPro IPR002020 и в Pfam PF00285.
Расположение домена Citrate_synt в белках P0ABH7 (CISY_ECOLI) и O75390 (CISY_HUMAN)
Организм | Начало домена | Конец домена |
Escherichia coli (P0ABH7) | 46 | 409 |
Homo sapiens (O75390) | 71 | 449 |
######################################## # Program: needle # Rundate: Wed May 17 2006 17:46:21 # Align_format: srspair # Report_file: ecoli_human.needle ######################################## #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: CISY_ECOLI # 2: CISY_HUMAN # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 410 # Identity: 108/410 (26.3%) # Similarity: 179/410 (43.7%) # Gaps: 77/410 (18.8%) # Score: 306.5 # # #======================================= CISY_ECOLI 1 GFTSTASCESKITFIDGDEGILLHRGFPI---DQLATDSNYLE------V 41 |.........:.:.:|.||||.. |||.| .:|...:...| : CISY_HUMAN 1 GMRGMKGLVYETSVLDPDEGIRF-RGFSIPECQKLLPKAKGGEEPLPEGL 49 CISY_ECOLI 42 CYILLNGEKPTQEQYDEFKTTVTRHTMIHEQITRLFHAFRRDSHPMAVMC 91 .::|:.|..||:||.........:...:...:..:...|..:.|||:.:. CISY_HUMAN 50 FWLLVTGHIPTEEQVSWLSKEWAKRAALPSHVVTMLDNFPTNLHPMSQLS 99 CISY_ECOLI 92 GITGALAA--------------------FYHDSLDVNNPRHREIAAFRLL 121 ....||.: .|.||:| |: CISY_HUMAN 100 AAVTALNSESNFARAYAQGISRTKYWELIYEDSMD-------------LI 136 CISY_ECOLI 122 SKMPTMAAMCYK--YSIGQPFVYPRNDLSYAGNFLNMMFSTPCEPYEVNP 169 :|:|.:||..|: |..|.......::|.::.||.||:..|..:..|:.. CISY_HUMAN 137 AKLPCVAAKIYRNLYREGSGIGAIDSNLDWSHNFTNMLGYTDHQFTELTR 186 CISY_ECOLI 170 ILERAMDRILILHADHE-QNASTSTVRTAGSSGANPFACIAAGIASLWGP 218 : .|.:|:||| .|.|..|....||:.::|:...||.:..|.|| CISY_HUMAN 187 L-------YLTIHSDHEGGNVSAHTSHLVGSALSDPYLSFAAAMNGLAGP 229 CISY_ECOLI 219 AHGGANEAALKMLEEISSVKHIPEFVRRAKDKN------DSFRLM-GFGH 261 .||.||:..|..|.::. |.:.:.|...|.:: :|.|:: |:|| CISY_HUMAN 230 LHGLANQEVLVWLTQLQ--KEVGKDVSDEKLRDYIWNTLNSGRVVPGYGH 277 CISY_ECOLI 262 RVYKNYDPRATVMRETCHEVLKELGTKDDLLEVAMELENIALNDPYFIE- 310 .|.:..|||.|..||. .||.| ..|.:.::..:|..|..| ..:| CISY_HUMAN 278 AVLRKTDPRYTCQREF---ALKHL-PNDPMFKLVAQLYKIVPN--VLLEQ 321 CISY_ECOLI 311 ---KKLYPNVDFYSGIILKAMGIPS-SMFTVIFAMARTVGWIAH--WSEM 354 |..:||||.:||::|:..|:.. :.:||:|.::|.:|.:|. || CISY_HUMAN 322 GKAKNPWPNVDAHSGVLLQYYGMTEMNYYTVLFGVSRALGVLAQLIWS-- 369 CISY_ECOLI 355 HSDGMKIARP 364 .:.|..:.|| CISY_HUMAN 370 RALGFPLERP 379 #--------------------------------------- #---------------------------------------Процент идентичности последовательностей доменов очень маленький (26.3%), но при этом данные последовательности представляют один и тот же домен (элемент третичной структуры белка) Citrate_synt. Этот факт еще раз подтверждает, что пространственные структуры более консервативны, чем последовательности.