Аннотация базы данных SENTRA

SENsory signal TRAnsduction proteins

Ключевые слова: Сигнальная трансдукция, прокариоты.

Sentra - база данных сенсорных сигнальных трансдукционных белков с акцентом на микробную сигнальную трансдукцию. Sentra была создана Группой Вычислительной Биологии в Отделе Математики и Информатики Государственной Лаборатории Аргонна.

База данных содержит в себе классы сигнальных трансдукционных систем, смодулированных фосфорилированием или реакциями метилирования, такие как PAS белки и серин/треониновые киназы, так же как и классические двухкомпонентные гистидиновые киназы и метил-акцептерные белки. В настоящее время, Sentra содержит последовательности сигнальных трансдукционных белков из сорока трех полностью секвенированных прокариотических геномов и последовательности из 264 организмов из SWISS-PROT и TrEMBL [1]. Сигнальные трансдукционные белки аннотируются с использованием информации, описывающей консервативные домены, последовательности паралогов и ортологов, и консервативные кластеры хромосомных генов. Недавно разработанный пользовательский интерфейс поддерживает гибкие способности поиска и обширную визуализацию данных.

Методы

Идентификация и анализ сигнальных трансдукционных белков в базе данных Sentra включает следующие шаги.

последовательности из 43 полностью секвинированных геномов плюс последовательности из баз данных SWISS-PROT и TrEMBL (релиз 39.0) были проанализированы при использовании инструментов анализа доменов из Pfam [2] и BLOCKS[3].
результаты этих исследований были разобраны и сохранены в реляционной базе данных (Oracle).
Подкласс предполагаемых сигнальных трансдукционных белков, содержащих консервативные домены, важные при сигнальной трансдукции (например домены гистидиновой киназы (PF00512, PF02518), гистидин принимающий домен (PF00072)) с E-value, не превышающим 1.0-e03 был получен и использован для дальнейшего анализа и аннотации в базе данных Sentra.

Дальнейшая аннотация включает в себя результаты Pfam, BLOCKS, SOSUI [4] и BLAST [5],а так же кластеры хромосомных генов [6].

Пользовательские свойства стартовой страницы базы весьма удобны для пользователя.
На главной станице имеются все необходимые ссылки на разделы базы данных для проведения необходимого поиска.Ниже показан интерфейс этой странички:

Дизайн Базы Данных выполнен в мягких зелёных и оранжевых тонах, акцентируя внимание на важных ссылках и разделах.

Проведение поиска также не вызывает у пользователя никаких затруднений:
Для проведения поиска нужно выбрать категорию исследуемых белков (например, гистидиновые киназы) и организм. Также можно провести поиск по ключевым словам или по GI Number.
Результатом на такой запрос будет выдан список доменов, по которым будет далее вестись поиск. Все домены аннотированны в Базе данных Interpro.

База данных Sentra обладает собственной поисковой системой, проводя поиск среди документов, аннотированных в NCBI. После проведения поиска по составленному запросу, выдаётся список найденных документов, а также указывается название найденных белков, их описание и локализация, что существенно упрощает поик. Дальнейший анализ полученных документов (Further Analysis) приводит на соответствующий документ на сайте той же исследовательской группы авторов (Банке данных Puma2), в котором описаны гомологи найденного белка.

Из-за того, что Sentra - довольно молодая и развивающаяся база данных (и последовательностей в ней описано пока что маловато), некоторые возможности БД пока не реализованы. Например, так и не получилось разобраться с работой таких разделов базы данных, как Gene Cluster и Contig Map. Тем не менее у БД Sentra не плохой потенциал и широкие просторы для дальнейшего развития.