Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

На главную страницу

На главную страницу четвёртого семестра

Общее знакомство со структурой GO.

  1. Protease binding, сввязывание протеаз
  2. GO:0002020
  3. None
  4. Селективное взоимодействие с протеазами или пептидазами (Interacting selectively with any protease or peptidase)
  5. Количество родителей1 is_a
  6. Количество дочерних терминов 0

Протеом Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 17.03.2006 г.

Запрос Количество белков
Всего Query "(([swissprot-Organism:Arabidopsis*] & [swissprot-Organism:thaliana*]) | [swissprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) " 3989
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO Query "((([swissprot-Organism:Arabidopsis*] & [swissprot-Organism:thaliana*]) | [swissprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & (([swissprot-DBxref_:p:*] & [swissprot-DBxref_:c:*]) & [swissprot-DBxref_:f:*])) " 20
В том числе из митохондрии Query "((([swissprot-Organism:Arabidopsis*] & [swissprot-Organism:thaliana*]) | [swissprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & (([swissprot-DBxref_:p:*] & [swissprot-DBxref_:GO:0005739*]) & [swissprot-DBxref_:f:*])) " 1
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции Query "((([swissprot-Organism:Arabidopsis*] & [swissprot-Organism:thaliana*]) | [swissprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & (([swissprot-DBxref_:p:*] & [swissprot-DBxref_:GO:0005739*]) & [swissprot-DBxref_:f:*]) & ([swissprot-DBxref_:TAS.*] | [swissprot-DBxref_:IDA.*]) & ( ! (((((([swissprot-DBxref_:IMP.*] | [swissprot-DBxref_:IGI.*]) | [swissprot-DBxref_:IPI.*]) | [swissprot-DBxref_:ISS.*]) | [swissprot-DBxref_:IEP.*]) | [swissprot-DBxref_:NAS.*]) | [swissprot-DBxref_:IEA.*]))) " 0
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции Query "((([swissprot-Organism:Arabidopsis*] & [swissprot-Organism:thaliana*]) | [swissprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & (([swissprot-DBxref_:p:*] & [swissprot-DBxref_:GO:0005739*]) & [swissprot-DBxref_:f:*]) & ([swissprot-DBxref_:IEA.*]) & ( ! ((((((([swissprot-DBxref_:IMP.*] | [swissprot-DBxref_:IGI.*]) | [swissprot-DBxref_:IPI.*]) | [swissprot-DBxref_:ISS.*]) | [swissprot-DBxref_:IEP.*]) | [swissprot-DBxref_:NAS.*]) | [swissprot-DBxref_:TAS.*]) | [swissprot-DBxref_:IDA.*]))) " 0

© Бабаян Тигран, 2005