Сравнение разных способов оценки эволюционных расстояний между гомологичными нуклеотидными последовательностями.

Основеая задача — определить границы применимости 2-х способов оценки эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями. Сначала построим, исходя из параметров заданного ранее дерева, матрицу истинных расстояний.

Затем по множественному выравниванию всех последовательностей дерева ( а они были получены в результате работы скрипта )с помощью программы distmat были получены 2 матрицы: матрица попарных различий и матрица попарных расстояний, вычисленных по формуле Джукса - Кантора

На основе этих данных с в программе Excel был построен следующий график:

Как видно из графика, оба способа оценки выдают результаты меньше истинных,причем погрешность результатов растет с ростом истинного расстояния.Из этого следует,что данные способы можно применять только при исследовании очень близких последовательностей (особенно методом попарных различий ). Преимущество алгоритма Джукса - Кантора состоит в том, что его график в отличие от первого не имеет асимптоты У=3/4.

На главную страницу третьего семестра