Kodomo

Пользователь

Программа RasMol более не поддерживается разработчиками. Пользователям рекомендуется переходить на Jmol.

RasMol — программа визуализации пространственных структур макромолекул. Исходными данными служит, как правило, файл в PDB-формате (хотя некоторые другие форматы также поддерживаются).

Основные сведения о программе

Что такое визуализация?

Исходные данные для визуализации — список атомов с координатами их центров (в некоторой системе координат). При визуализации белков в окне программы изображаются различные т.н. модели. Наиболее употребительные модели следующие:

Основные принципы работы с RasMol

Некоторые команды

select <множество>

выделяет множество

restrict <множество>

выделяет множество и стирает из графического окна всё остальное

wireframe 50

добавляет к изображению в графическом окне проволочную модель выделенного множества с толщиной линий 50

wireframe off

стирает из графического окна проволочную модель выделенного множества

backbone 70

добавляет к изображению в графическом окне остовную модель выделенного множества с толщиной линий 70

cpk 200

добавляет к изображению в графическом окне шариковую модель выделенного множества с диаметром шариков 200

color <цвет>

окрашивает выделенное в указанный цвет (но если эти атомы не были изображены ни в какой модели, то цвета не будет видно, пока вы их не изобразите!)

Как задавать множество

Логические операторы для задания множеств

Примеры комбинаций операторов

и т.п.

Оператор "within"

Примеры:

select water and within(3.9,ser15:a.og)
cpk 200

выведет в графическое окно в виде шариков диаметром 200 все атомы воды, находящиеся ближе 3,9 Å от данного атома.

Упражнение

Предположим, открытый в RasMol'е документ PDB содержит описание структуры, состоящей из белка, фрагмента ДНК и молекул воды.

Какое множество станет выделенным, если выполнить следующие команды ?

select protein or dna
select protein and dna
select not water
select within(3.5, his)
select within(3.5, his) and water

Цвет

После команды color может стоять:

Например, color chain окрасит каждую цепь в свой цвет.

Экспорт файлов

save h:\rasmol\my.pdb

write h:\rasmol\picture.gif

Сценарии

Сценарий (в разговорной речи — скрипт) — это текстовый файл, содержащий в каждой строке команду RasMol. Например, содержимое сценария может быть таким:

load h:\tmp\1xyz.pdb
restrict none
select *:a
color cyan
backbone 50
select *:b
color yellow
backbone 50
select not protein
color cpk
cpk 100
select all

Комментарий

Скрипт можно запускать двумя способами:

  1. Открыть файл программой raswin (при установке RasMol обычно устанавливается ассоциация этой программы с расширением "spt", поэтому сценарию имеет смысл давать именно такое расширение; тогда raswin будет вызываться по ассоциации).

  2. В командной строке RasMol выполнить команду:

script myscript.spt

Main/RasMol (последним исправлял пользователь sas 2015-02-09 11:39:15)