У вас есть ролик в Pymol. Как в Linux сделать видеофайл?

Давайте сохраним Ваше изображение в лучшем качестве:

   1 set ray_trace_frames,1
   2 mpng movie_

Иногда бывает удобно это сделать в комнадном режиме. Для этого сохраняем Вашу работу в pse и составляем pml файл содержащий выше указаные команды. Запускаем:

   1 pymol -c my.pse my.pml

После работы по рендерингу можно перейти к сборке ролика. Вариант 1, с помощью mencoder из пакета mplayer.

   1 export opt="autoaspect:vbitrate=2160000:mbd=2:keyint=132:vqblur=1.0:cmp=2:subcmp=2:dia=2:mv0:last_pred=3"
   2 mencoder  -ovc lavc -lavcopts vcodec=msmpeg4v2:vpass=1:$opt mf://*.png -mf type=png:fps=10 -o /dev/null
   3 mencoder  -ovc lavc -lavcopts vcodec=msmpeg4v2:vpass=2:$opt mf://*.png -mf type=png:fps=30 -o my.avi

Вариант 2, с помощью ffmpeg:

   1 export name=`ls *_0001.png| sed 's/0001.png//'`
   2 ffmpeg -an -r 15 -b 2100000 -f image2 -i ${name}%04d.png ${1}.wmv

В обоих случаях ключевые параметры:

• fps (в ffmpeg: -r), количество кадров в секунду
• vbitrate (в ffmpeg: -b), плотность потока в байтах в секунду