Импорт объектов из Pymol в Blender

Введение и примеры

Blender это открытая программа для работы с 3D графикой. Сайт программы: http://www.blender.org.

• Примеры изображения, можно кликнуть:

  • 

• Пример примитивной анимации этого изображения наложенный на ролик из youtube: Ролик

• Учебник по работе с blender.

Импорт объектов

• Pymol
  • Создайте изображение поверхности белка без лиганда из 1lmp, сохраните как surface.wrl.
  • Создайте изображение только лиганда в виде sticks, сохраните как ligand.wrl.
  • Создайте изображение только воды в виде balls, сохраните как water.wrl.

Не меняйте положение камеры, т.е. не двигайте объекты во время экспорта в wrl.

К сожалению каждый объект в файлах water.wrl и ligand.wrl имеет свою покраску и blender импортирует этот цвет как новый материал. Могу предложить простой способ удалить эту информацию из wrl файлов:

sed '/Material/,/shininess/d' water.wrl > water_sed.wrl

Таким образом у Вас должно получиться три wrl файла: water_sed.wrl loigand_sed.wrl surface.wrl

• Blender, импорт объектов.

  • Запустите программу и удалите кубик, щёлкните по нему RMB (Правая клавиша мыши)и кнопка Del на клавиатуре.

  • Импортируйте ligand_sed.wrl, File->Import.

  • После импорта объекты имеют очень большой размер, колесом мыши добейтесь полного изображения объекта.

  • Выберите один объектов лиганда (RMB). Расширте выборку до всех Mesh, нижнее меню Select->Select all by Type -> Mesh

  • Объедените выделеные объекты в один, кнопка Join слева.

  • Импортируйте water_sed.wrl, File->Import.

  • Выберите один объектов воды (RMB). Расширте выборку до всех Mesh, нижнее меню Select->Select all by Type -> Mesh

  • Удалите из выборки лиганд, Shift+RMB на лиганд два раза, контур должен изчезнуть.
  • Сделайте активной одну их сфер, Shift+RMB, желтый контур.

  • Объедените выделеные объекты в один, кнопка Join слева.

  • Справа вверху есть список объектов, можно переиеновать ShapeCylinder в ligand, а ShapeSphere в water.

  • Импортируйте surface.wrl, File->Import.

Действия в Blender для получения изображений.

• Blender, создание сцены.
  • Выделите ваши объекты в списке объектов Shift+LMB. Перейдите в 3D окно и нажмите S (Scale). Уменьшите объекты.
  • Проверьте изображение в камере, numpad 0.
  • Можно измень размер и подвигать объекты прямо в камере. Клавиша G для движения объекта.
  • Возможно Вам надо будет повернуть белок лигандом к камере. Нажмите numpad 7 и R. Поверните объекты. Проерьте изображение в камере, numpad 0.
• Blender, модификация объектов и материалы.
  • Для каждого объекта удалите Doubles, выделите один объект, TAB для перехода в режим редактирования. Кнопка Remove Doubles слева.
  • Нажмите F12, из рендера видно, что поверхность не гладкая. Esc для выхода.

  • Выберите поверхность и справа найдите кнопку "Object Modifiers". Добавте модифкатор SubDivision Surface. Мне показались подходящими значения View=1, Render=3. Проверяйте с помощью рендера F12.

  • Скачайте интересный Вам материал с сайта http://matrep.parastudios.de/index.php.

  • Добавтье материал, File->Append.

  • Примените материал к объекту. Выберите объект. Справа найдите кнопку Material. Найдите кнопку с изображением сферы, подсказка Browse Material to be linked.

  • Найдите выбраный Вами материал и после шелчка Ваш объект будет иметь нужный Вам материал.

Действия в Blender для создания анимации.

• В панели Timeline можно найти элементы управления keyframes.

• Выберите Active keying set как LocRotScale.

• По умолчанию количество кадров 250, создадим 4 keyframe в позициях 0,150,200,250. Для этого ставим жёлтый маркер в нужно место и нажимаем "ключик".
• Перейдём в фрейм 0 и подвинем лиганд куда-то на лево от белка. Сохраните keyframe.
• Перейдём в фрейм 250 и подвинем лиганд куда-то в право от белка. Сохраните keyframe.
• Посмотрите анимацию.
• Попробуйте изменить интенсивность передвижения редактируя кривые в Graph Editor.
• В Sequence editor можно добавить роилики и картинки. Настройка наложения роликов делается через свойства ролика, клавиша "N".
• 3D сцена добавляется как scene.