2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
2015
Семестр 7. Биоинформатика в 3D
Информация
Записаться в очередь на проверку
Объявления
В этом семестре после долгого простоя вам снова понадобятся ваши сайты. Если по прошествии лет вы ощущаете, что не помните, как с ними работать, или что-то не удобно и не оптимизированно для быстрого создания отчета, рекомендую посмотреть материалы для нынешнего второго курса, особенно лекцию по Bootstrap. Из нее можно взять простой темплейт, который заметно облегчит жизнь, если вы не гонитесь за уникальным авторским стилем. HTML2020 Bootstrap2020 — АЗло
31 декабря 2020
С наступающим!
Последние обновления:
- Мягкий дедлайн по валидации был передвинут на 00:00 3-го января
- Штрафы за жесткие дедлайны изменены до 0.5
- Снимается требование иметь минимум 40 баллов для допуска к ответу на экзамене. Остается требование зачесть праки 1-8. На экзамене оценка все еще выставляется исходя из баллов, учитывайте.
— АЗло
4 января 2021
Изменения в правила по итогам обсуждения на консультации
- Можно сдать теоретическую часть, не имея зачета по практикумам. Это все еще будет значить пересдачу, но баллы за теорию уже будут стоять, и вам останется только получить зачет за сданные практикумы (1-8)
- Для усреднения с оценкой за курс биоалгоритмов формула выставления оценки изменена и теперь допускает положительные оценки ниже 3 и выше 5
- Мы будем проверять практикумы (и исправления к ним), присланные до 15:00 5 января для 401 группы и 15:00 6 января для 402 группы
Детализацию процедуры сдачи экзамена смотрите на странице экзамен.
— АЗло
Блок 1. Методы получения структур биомолекул
Лекция 1. Зачем нам информация о структуре. Рентгеноструктурный анализ, начало
7 октября 2020, А. С. Злобин, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ Презентация Злобин ] [ Презентация Лунин - 1 ]
Практикум 1. Pymol, электронная плотность
4 балла. Мягкий дедлайн 21.10, жесткий дедлайн 28.10
—
Лекция 2. Рентгеноструктурный анализ, продолжение
14 октября 2020, В. Ю. Лунин
Семинар
14 октября 2020, ААл, САС, ИД, ВМ, АЗло
Практикум 2. Файл PDB. Альтернативные положения, B фактор, кристалл
3.5 балла. Мягкий дедлайн 28.10, жесткий дедлайн 4.11
[ Задание ]
—
Лекция 3. Рентгеноструктурный анализ, завершение
21 октября 2020, В. Ю. Лунин
Семинар
21 октября 2020, ААл, САС, ИД, ВМ, АЗло
Практикум 3. Prody. Восстановление функции ЭП
4 балла. Мягкий дедлайн 18.11, жесткий дедлайн 25.11
—
Лекция 4. ЯМР. КриоЭМ
28 октября 2020, К. С. Минеев (ИБХ), О. С. Соколова (МГУ)
Практикум 4. ЯМР vs РСА
3 балла. Мягкий дедлайн 25.11, жесткий дедлайн 2.12
[ Задание ]
—
(По желанию) Семинар, ответы на вопросы, разбор лекций
4 ноября 2020, все
—
Лекция 5. Оценка качества РСА расшифровки структуры. Поиск ошибок
11 ноября 2020, В. Д. Маслова
Практикум 5. Отчет по валидации
7 баллов. Мягкий дедлайн 3.01 (UPD!), жесткий дедлайн день экзамена
[ Задание ]
Консультация к коллоквиуму
11 ноября 2020, все
—
Коллоквиум
18 ноября 2020, все
Блок 2. Структурная биоинформатика
Лекция 6. Внутримолекулярное и межмолекулярное распознавание. Разметка взаимодействий.
25 ноября 2020, А. С. Злобин
[ Презентация ]
Практикум 6. Специфичность связывания
4 балла. Мягкий дедлайн 9.12, жесткий дедлайн 16.12
[ Задание ]
—
Лекция 7. Поверхности, карманы, pKa
2 декабря 2020, А. С. Злобин
[ Презентация ]
Практикум 7. Поверхности, карманы, pKa
4 балла. Мягкий дедлайн 16.12, жесткий дедлайн 23.12
[ Задание ]
Важный момент! В исходной статье по DSSP acc задавался как SASA/10 Однако мы обнаружили, что в версии на кодомо (версия 3) вместо этого числа выводится просто SAS
Пожалуйста, учтите это, если еще не начали делать прак. Если уже сделали, и этот момент никак не повлияет на ваши выводы и рассуждения, то можно и проигнорировать. Но, пожалуйста, проверьте, и если повлияет, то исправьте. Никаких штрафов за эти исправления, естественно, не будет.
—
Лекция 8. Вторичная структура, третичная структура, классификация фолдов.
9 декабря 2020, А. С. Злобин
[ Презентация ]
Практикум 8. Разметка вторичной структуры, выделение доменов
3 балла. Мягкий дедлайн 23.12, жесткий дедлайн 30.12
[ Задание ]
—
Лекция 9. Пространство укладок. Подобие структур, структурные выравнивания.
16 декабря 2020, А. С. Злобин
[ Презентация-1 ]
[ Презентация-2 ]
Практикум 9. Структурные выравнивания
7.5 баллов. Мягкий дедлайн 05.01
Число практикумов было решено сократить с 10 до 9, но за 9-тый будет больше баллов. Также по 9-ому практикуму нет никакого дедлайна, и он не обязателен к выполнению. Рассматривайте его как способ набрать баллы на 5-ку и возможность меньше готовиться к теор. вопросам.
[ Задание ]
—
Лекция 10. Структура/функция
23 декабря 2020, А. С. Злобин
[ Презентация ]
—
Лекция 11. Подвижность, регуляция и эволюция структур. Задачи дизайна. Введение в моделирование. BigData и ML в структурной биологии
30 декабря 2020, А. С. Злобин
[ Презентация ]
4 января 2020, 16 час.
Выдержка из "Процедуры сдачи экзамена". Описание процедуры доступно по ссылке Экзамен.
1. В день экзамена ( 5го янв 1я группа, 6го - вторая) - независимо от результата по практикумам и баллам - каждый студент соответствующей группы может получить билет и сдавать теоретическую часть экзамена. ОЦЕНКА ОТВЕТА (из 30 баллов) будет внесена в ведомость и учтена в ИТОГОВОЙ ОЦЕНКЕ по 3D.
2. Ответ студента начинается с получения вопроса на допуск и ответа на него без времени на подготовку. При неудовлетворительном ответе студент получает неуд и отправляется на пересдачу.
3. Чтобы получить билет для подготовки необходимо записаться в Очередь на проверку, выбрав пункт Экзамен. От времени записи отсчитывается время на подготовку (30 мин).
4. Условиями получения положительной (>=2.5) ИТОГОВОЙ оценки за 3D являются (1) зачёт коллоквиума; (2) зачёт практикумов. См. в ведомости.
5. Итоговая оценка за 3D выводится из рейтинга по формуле, приведенной по ссылке Экзамен. Она лежит в интервале 2.5 - 5.5 и округляется до десятых.
Положительная >=2.5, неуд <2.5 - влечет пересдачу. Баллы сохраняются до пересдачи.
6. Для получения итоговой оценки по 3D по баллам автоматом - без ответа - запишитесь в очередь, указав "без ответа" в комментариях. Должен быть зачёт по коллоквиуму и по практикумам.
7. Формулу для ИТОГОВОЙ ОЦЕНКИ по ЭКЗАМЕНУ (биоалг + 3D) см по ссылке Экзамен.
По истечении времени экзамена, если студент не записался в Очередь на проверку или не информировал о согласии на автомат, мы ставим неявку??? Не решено.
Те студенты, у которых большие долги, используйте день экзамена, чтобы хотя бы приблизиться к получению положительной оценки - пока не забыли все. Может, и выполненный практикум кто-то из преподавателей согласится проверить)))
— ААл