Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Введение в программирование и язык программирования Python

Преподаватели: Зоя Червонцева, Роман Кудрин, Дмитрий Пензар, Ольга Цой, Александра Галицына, Кирилл Просвиров. Ведомость


Задания для личной сдачи

Задания необходимо сдавать в течении двух недель с момента оглашения.

1. (28 февраля) Дана последовательность ДНК. Написать в отдельный файл все последовательности белков, которые могут быть ею закодированы (считаем, что интронов нет, перекрывающиеся рамки считывания могут быть). Во внимание принимается и обратная цепь. Последовательность белка должна начинаться со старт-кодона. Минимальную длину белка должен иметь возможность задать пользователь. Помимо этого, создать другой файл, в котором для каждой последовательности белка записаны данные об ее аминокислотном составе.

После работы скрипта напечатать в stdout (с помощью print, к примеру) сколько белков было найдено, а также статистику по длинам белков (сколько белков попадает в данный интервал) (0-bin_size, bin_size-bin_size*2 и тд, bin_size задает пользователь) и нуклеотидный состав данной ДНК. Для каждого кодона из 64 вывести сколько раз он использовался (если кодона нет, то выводим 0).

Написать декоратор (нужно лишь немного изменить код из лекции), который работает для каждой функции, которая будет вами написана в ходе решения данной задачи. Он должен записывать время начала работы, конца работы, с указанием имени функции в отдельный файл log.txt.

!!! Код, представляющий из себя монолит из строчек, без отдельных функций и/или с грубым нарушением правил читаемости, оцениваться при личной слаче не будет и задание принято не будет

2. (3 апреля) Формулировку задания см. здесь

Занятия

  1. 13 февраля. Повторение базового синтаксиса. ДЗ1 Простая шпаргалка Продвинутая шпаргалка Презентация

  2. 20 февраля. Типы данных. Коллекции. ДЗ2 Шпаргалка Материалы занятия Стандарт форматирования кода PEP8

  3. 27 февраля. Функции. ДЗ3 + задача для очной сдачи (см. выше) Материалы занятия

  4. 6 марта. Файлы. ДЗ4 + задача для очной сдачи (см. выше) ДЗ3(вторая неделя) Материалы занятия

  5. 13 марта. Лямбда-функции, генераторы. ДЗ5 ДЗ4(вторая неделя) Материалы занятия

  6. 20 марта. Регулярные выражения. ДЗ6 ДЗ5(вторая неделя) Материалы занятия

  7. 27 марта. Numpy и Pandas. ДЗ7 ДЗ6(вторая неделя) Материалы занятия

  8. 3 апреля. Классы. ДЗ8 + задача для очной сдачи (см. выше) ДЗ7(вторая неделя) Материалы занятия

  9. 10 апреля. Визуализация данных. Построение графиков. ДЗ9 ДЗ8(вторая неделя) Материалы занятия

  10. 17 апреля. Biopython ДЗ10 ДЗ9(вторая неделя) Материалы занятия

  11. 24 апреля. Format, argparse, git ДЗ11 ДЗ10(вторая неделя) Материалы занятия Памятка по общению с Git и GitHub

Обратите, пожалуйста, внимание на оформление кода в домашних заданиях. Со второго занятия система проверяет соответствие вашего кода стандарту PEP8.

2016/5 (последним исправлял пользователь pdd 2018-10-22 18:55:00)