Задание пр. 10 выполнено плохо всеми, у кого проверено на 22 мая((( Балл 4 значит что технически вы в состоянии запустить программы и зачёт, не более того; он завышен; добавлю еще штрафы у всех с неправдоподобным ответом. Что надо было сообразить/прочитать:

1. какой длины мотив Ш.-Д.
2. на каком расстоянии от старта трансляции
3. у какого процента генов можно ожидать наличие его

Все эти условия надо было учитывать при выборе параметров. Более того, надо было учитывать, что Ш.-Д. - не самый сильный сигнал, т.к. он короткий. Поэтому, возможно, надо было брать не самый лучший сигнал; пробовать разные и смотреть правдоподобно ли число находок и их расстояние от старта трансляции. E-value находок тоже может быть не самым низким опять же из-за того, что сигнал слабый (вычислите информационное соденржание и увидите!). Совсем по хорошему, стоило сделать итерацию, отобрав наиболее правдоподобные находки.

Следовало описать результат в отчете; ссылка на выдачу программы неудовлетворительна! В том числе, привести выравнивание в отдельном файле, включая фланки. По нему можно было бы как-то содержательно проверить ваш ответ.

К контрольной 20 марта (и к коллоквиуму) вы должны уметь узнавать по химической формуле следующие вещества, знать, для чего они используются ферментами и знать их полные названия:

Пожалуйста, не забывайте записываться в очередь на проверку!

Зачёт:

1. Пр.9 - 1 (мотивы сайтов связывания пуринового репрессора)
2. Пр. 9 - 2(описание сервиса или базы данных)
3. Пр. 10 - 1 (поиск сайтов Шайн - Дальгарно в геноме бактерии)
4. Вычисление информационного содержания выравнивания (контрольная или соответствующее задание коллоквиума)

Зачёт:

1. Пр. 11 - часть 1 и часть 2 плюс устное обоснование эволюции доменной архитектуры
2. Интерпретация поиска по профилю на множестве с известным ответом: ROC-кривая, 2x2, чувствительность и специфичность. Либо часть 3 пр.11, либо соответствующее задание коллоквиума.
3. Теория (билет с двумя вопросами)