Ernst J., Kheradpour P., Mikkelsen T.S., Shoresh N. et al.: Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types. Nature (2011) 473:43-49
Choi H., Fermin D., Nesvizhskii A.I., Ghosh D., Qin Z.S.: Sparsely correlated hidden Markov models with application to genome-wide location studies. Bioinformatics (2013) 29:533-541
9 апреля
301
Федорова
Тишина
Liang C., FANTOM Consorti., Forrest A.R., Wagner G.P.: The statistical geometry of transcriptome divergence in cell-type evolution and cancer. Nat Commun (2015) 6:6066
9 апреля
302
Меерсон
Новикова
Wu Q., Won K.J., Li H.: Nonparametric Tests for Differential Histone Enrichment with ChIP-Seq Data. Cancer Inform (2015) 14:11-22
9 апреля
301
Медведев
Гусев
Gillani Z., Akash M., Rahaman M., Chen M.: CompareSVM: supervised, Support Vector Machine (SVM) inference of gene regularity networks. BMC Bioinformatics (2014) 15:395-395
9 апреля
302
Вакуленко
Беседина
Mao R., Raj Kumar P.K., Guo C., Zhang Y., Liang C.: Comparative analyses between retained introns and constitutively spliced introns in Arabidopsis thaliana using random forest and support vector machine. PLoS ONE (2014) 9:e104049
16 апреля
301
Елисеев
Андреева
Thomas M., Brabanter K., Suykens J., Moor B.: Predicting breast cancer using an expression values weighted clinical classifier. BMC Bioinformatics (2014) 15:6603
16 апреля
302
Кунин
Мамедов
Boer B.A., Duijvenboden K., Boogaard M., Christoffels V.M. et al.: OccuPeak: ChIP-Seq peak calling based on internal background modelling. PLoS ONE (2014) 9:e99844
16 апреля
301
Ежова
Ходыкина
Maaskola J., Rajewsky N.: Binding site discovery from nucleic acid sequences by discriminative learning of hidden Markov models. Nucleic Acids Res (2014) 42:12995-13011
16 апреля
302
Травин
Бикметов
Boyle A.P., Araya C.L., Brdlik C., Cayting P. et al.: Comparative analysis of regulatory information and circuits across distant species. Nature (2014) 512:453-456
24 апреля
301
Галкин
Панкевич
Altenhoff A.M., Gil M., Gonnet G.H., Dessimoz C.: Inferring hierarchical orthologous groups from orthologous gene pairs. PloS ONE (2013) 8(1):e53786
24 апреля
302
Козлова
Карпова
Pereira J., Johnson W.E., O'Brien S.J., Jarvis E.D. et al.: Evolutionary genomics and adaptive evolution of the Hedgehog gene family (Shh, Ihh and Dhh) in vertebrates. PLoS ONE (2014) 9:e74132
24 апреля
301
Котлов
Нуждина
Wong E.S., Thybert D., Schmitt B.M., Stefflova K. et al.: Decoupling of evolutionary changes in transcription factor binding and gene expression in mammals. Genome Res (2015) 25:167-178
7 мая
302
Евстафьева
Желудкевич
Dotu I., Garcia-Martin J.A., Slinger B.L., Mechery V. et al.: Complete RNA inverse folding: computational design of functional hammerhead ribozymes. Nucleic Acids Res (2014) 42:11752-11762
30 апреля
301
Анисимова
Абдрахманов
Panwar B., Arora A., Raghava G.P.: Prediction and classification of ncRNAs using structural information. BMC Genomics (2014) 15:127-127
Morota G., Abdollahi-Arpanahi R., Kranis A., Gianola D.: Genome-enabled prediction of quantitative traits in chickens using genomic annotation. BMC Genomics (2014) 15:109
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Домашнее задание к 13 апреля
Статьи для журнального клуба
Статья
Дата
Группа
Докладчик
Оппонент
Ernst J., Kheradpour P., Mikkelsen T.S., Shoresh N. et al.: Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types. Nature (2011) 473:43-49
26 марта
301
Малеева
Дудина
Biesinger J., Wang Y., Xie X.: Discovering and mapping chromatin states using a tree hidden Markov model. BMC Bioinformatics (2013) 14 Suppl 5:S4-S4
26 марта
302
Образцова
Попов
Choi H., Fermin D., Nesvizhskii A.I., Ghosh D., Qin Z.S.: Sparsely correlated hidden Markov models with application to genome-wide location studies. Bioinformatics (2013) 29:533-541
9 апреля
301
Федорова
Тишина
Liang C., FANTOM Consorti., Forrest A.R., Wagner G.P.: The statistical geometry of transcriptome divergence in cell-type evolution and cancer. Nat Commun (2015) 6:6066
9 апреля
302
Меерсон
Новикова
Wu Q., Won K.J., Li H.: Nonparametric Tests for Differential Histone Enrichment with ChIP-Seq Data. Cancer Inform (2015) 14:11-22
9 апреля
301
Медведев
Гусев
Gillani Z., Akash M., Rahaman M., Chen M.: CompareSVM: supervised, Support Vector Machine (SVM) inference of gene regularity networks. BMC Bioinformatics (2014) 15:395-395
9 апреля
302
Вакуленко
Беседина
Mao R., Raj Kumar P.K., Guo C., Zhang Y., Liang C.: Comparative analyses between retained introns and constitutively spliced introns in Arabidopsis thaliana using random forest and support vector machine. PLoS ONE (2014) 9:e104049
16 апреля
301
Елисеев
Андреева
Thomas M., Brabanter K., Suykens J., Moor B.: Predicting breast cancer using an expression values weighted clinical classifier. BMC Bioinformatics (2014) 15:6603
16 апреля
302
Кунин
Мамедов
Boer B.A., Duijvenboden K., Boogaard M., Christoffels V.M. et al.: OccuPeak: ChIP-Seq peak calling based on internal background modelling. PLoS ONE (2014) 9:e99844
16 апреля
301
Ежова
Ходыкина
Maaskola J., Rajewsky N.: Binding site discovery from nucleic acid sequences by discriminative learning of hidden Markov models. Nucleic Acids Res (2014) 42:12995-13011
16 апреля
302
Травин
Бикметов
Boyle A.P., Araya C.L., Brdlik C., Cayting P. et al.: Comparative analysis of regulatory information and circuits across distant species. Nature (2014) 512:453-456
24 апреля
301
Галкин
Панкевич
Altenhoff A.M., Gil M., Gonnet G.H., Dessimoz C.: Inferring hierarchical orthologous groups from orthologous gene pairs. PloS ONE (2013) 8(1):e53786
24 апреля
302
Козлова
Карпова
Pereira J., Johnson W.E., O'Brien S.J., Jarvis E.D. et al.: Evolutionary genomics and adaptive evolution of the Hedgehog gene family (Shh, Ihh and Dhh) in vertebrates. PLoS ONE (2014) 9:e74132
24 апреля
301
Котлов
Нуждина
Wong E.S., Thybert D., Schmitt B.M., Stefflova K. et al.: Decoupling of evolutionary changes in transcription factor binding and gene expression in mammals. Genome Res (2015) 25:167-178
7 мая
302
Евстафьева
Желудкевич
Dotu I., Garcia-Martin J.A., Slinger B.L., Mechery V. et al.: Complete RNA inverse folding: computational design of functional hammerhead ribozymes. Nucleic Acids Res (2014) 42:11752-11762
30 апреля
301
Анисимова
Абдрахманов
Panwar B., Arora A., Raghava G.P.: Prediction and classification of ncRNAs using structural information. BMC Genomics (2014) 15:127-127
30 апреля
302
Шафиков
Носикова
Hu M., Deng K., Qin Z., Dixon J. et al.: Bayesian inference of spatial organizations of chromosomes. PLoS Comput Biol (2013) 9:e1002893
30 апреля
301
Гафуров
Сутормин
Morota G., Abdollahi-Arpanahi R., Kranis A., Gianola D.: Genome-enabled prediction of quantitative traits in chickens using genomic annotation. BMC Genomics (2014) 15:109
7 мая
302
Трушина
Босхомджиева