Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Сервисы и программы для использования в отчёте

1. Сервис MolProbity. Функции

   • Построение карте Рамачандрана с лучшими на сегодня границы предпочитаемых и допустимых областей.
   • Выявление маргинальных остатков по отклонению боковых цепей от ротамеров
   • Выявление инверсий боковых цепей Asn, Gln, His
   • Выявление недопустимых наложений атомов. При этом добавляются отсутствующие в файле водороды.

Последовательность действий

• Загрузить PDB файл
• Добавить водороды (необходимо для выявления недопустимых наложений атомов - clashs). При этом одновременно детектируются возможные инверсии боковых цепей Asn, Gln, His. Их можно принять или отклонить.

• "Analyze all-atom contacts and geometry" => табличка с суммарными характеристиками

  • ClashScore - число недопустимых наложений атомов на 1000 (т.е. 5 значит 0.5% атомов); перцентиль данной структуры по отношению к структурам примерно такого же разрешения: "62 percentile" здесь значит, что 62% структур ClashScore хуже (больше), чем у данной, т.е. идеально хорошее значение - около 100, самое плохое - около 0.

  • "Poor rotamers" - число остатков с маргинальными по отклонению от ротамеров боковыми цепями
  • "Ramachandran outliers" - полные маргиналы по карте Рамачандрана, лежат вне допустимой области; такие встречаются в 0.05% остатков при высоком разрешении.

  • "Ramachandran favored" - число и процент остатков в предпочитаемой области; в идеале таких должно быть > 98%. Менее информативные параметры:

    • MolProbity score - интегральная оценка структуры по данным этого сервиса

    • C_beta deviations >0.25A - число С_beta с неприемлемым отклонением от ожидаемого положения

    • Bad backbone bonds - число ковалентных связей, существенно отклоняющихся от теории (типично - 0)
    • Bad backbone angles - число валентных углов, существенно отклоняющихся от теории (типично - 0)

Таблички с результатами по маргинальным остаткам, карты Рамачандрана доступны по ссылкам. Возможна on-line визуализация встроенным визуализатором KiNG

Сервер позволяет скачать все результаты, включая PDB файл с добавленными водородами и исправленными боковыми цепями Asn, Gln, His.

2. Сервис PDB. Полезная информация и ссылки со страницы структуры.

   • Файл структурных факторов
   • Sequence (из меню над страницей структуры) - последовательность с разметкой вторичной структуры и сайтов; при вызове Jmol (Java applet, аналог Rasmol) визуализация управляется щелканьем по последовательности, элементам вторичной структуры и др. Удобно.
   • Literature - упрощает поиск статьи
   • Methods - удобное описание метода расшифровки, параметров кристаллографической ячейки и др.
   • Link - ссылки на страницы этой структуры в других сервисах; в частности:
     • на PDB_redo - структуру, оптимизированную стандартной проверенной программой, исходя из представленных авторами PDB файла экспериментальных данных; содержит ссылки на протоколы WHAT_CHECK исходного файла и стандартно опитимизированного
     • Протокол проверки качества WHAT_CHECK (из пакета WHAT IF)
     • Протокол проверки качества PROCHECK (на сайте PDBsum)
     • Electron Density Server (EDS)

3. Протокол проверки качества WHAT_CHECK. Наиболее полный протокол. Содержит все показатели, которые обсуждались в лекции.

4. Сервер EDS. Содержит информацию

   • сводную о разрешении, кристаллографической ячейке и др., пересчитанную стандартной программой EDS; обычно, незначительно отличается от информации в исходном PDB файле
   • файл с "экспериментальной" электронной плотностью
   • RSR - пространственный R-фактор для всех остатков и молекул растворителя
   • Significant regions - участки с повышенным RSR фактором, особенно подозрительные на наличие неточностей в координатах атомов
   • Z-score - относительный R-фактор остатков/молекул воды; Z-score вычисляется относительно всех остатков такого же типа из структур с примерно таким же разрешением.
   • Temeperture factor для всех атомов

5. Протокол проверки качества структуры PROCHECK. Функции

   • Строит карту Рамачандрана - менее точную, чем MolProbity. Оценивает по ней качество.

   • Строит и оценивает карту торсионных углов χ₁ и χ₂ боковых цепей.

   • ...

В целом, перекрывается MolProbity

Другие полезные ссылки

• On-line курс по оценке качества модели (G.Kleywegt)

• Rotamers for all types of side chains

• Объяснение протокола WhatCheck и далее по ссылкам

• Сервер, генерирующий протокол WhatCheck для любого входного файла PDB; пройти по ссылке Structure validation