Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2009

Работа с Pymol

Это занятие и последующие содержат задачи и только некторые подсказки. Основной источник информации для Вас это документация к программам. В данном случае это сайт PymolWiki.

Ваша рабочая директория: H:\Term6\Practice1. Отчёт по заданию должен появиться на сайте к следующему занятию. Подсказки к заданию см. здесь. Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB. Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.

  1. Оцените возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting

  2. Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведите мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере связывания с лигандом. Предварительно оцените зону котнакта.

  3. Используя команды mset, mview, super, translate создайте анимационный ролик (mpeg) где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание на указания в object motions на pymolwiki.

  4. Приседените флуорусцентную метку TAMRA к белку через сложноэфирную связь. Используйте команды fuse и torsion.

  5. Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Псевдо-код вы можете найти в подсказках.
  6. * Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Примерный код и ссылки Вы сможете найти в подсказках.

  7. * Совсем не обязательное, но бонусное задание это сделать красивый рендер на основе этого урока.