Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2009
| Cеместры | Студенты | Преподаватели |
| На главную страницу | ||
|
2008 | |
|
2007 | |
|
2006 | |
|
2005 | |
 |
|
2004 |
 |
|
2003 |
 |
|
2002 |
|
Cеместр IV. Семейства белков и эволюция |
|||
|
Объекты, с которыми надлежит ознакомиться: филогенетические деревья, онтологии, банки данных InterPro, GO, KEGG.
Инструменты (компьютерные программы), которые предстоит изучить: |
|||
|
Блок 1: филогенетические деревья |
|||
1. |
Что такое филогенетическое дерево (лекция) |
||
| 8 февраля 2011, С.А.Спирин | |||
| [презентация] [задания] | |||
2. |
Филогенетические деревья (продолжение) |
||
| 15 февраля 2011, С.А.Спирин | |||
| [презентация] [задания] | |||
3. |
Алгоритмы реконтрукции филогении |
||
| 22 февраля 2011, С.А.Спирин | |||
| [презентация] [задания] | |||
4. |
Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательнсотям. Анализ деревьев, содержащих паралоги. |
||
| 1 марта 2011, М.С.Кривозубов, С.А.Спирин | |||
| [задания] | |||
5. |
Зачем биологи строят деревья? (лекция) |
||
| 15 марта 2011, М.Д. Логачёва | |||
| [презентация] | |||
|
Блок 2: функции белков |
|||
6. |
Эволюционные домены. Pfam |
||
| 22 марта 2011, А.В.Алексеевский | |||
| [презентация] [задания] [домены] [swisspfam_to_xls] [filter_alignment] [коды видов в Uniprot ID] | |||
7. |
Gene Ontology |
||
| 29 марта 2011, А.В.Алексеевский, Б.Бурков | |||
| [презентация] [задания] | |||
8. |
EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути) |
||
| 5 апреля 2011, Б.Бурков, А.В.Алексеевский | |||
| [материалы для миниКР] [презентация] [tutorial по BRENDA] [задания] [задания чуть поживее] | |||
9. |
Трансмембранные белки |
||
| 12 апреля 2011, С.Виноградова, А.В.Алексеевский | |||
| [материалы для миниКР] [презентация] [задания] [указания] [скрипт generate_markup] | |||
|
Блок 3: исследование белкового семейства |
|||
10. |
Создание паттерна по выравниванию семейства белков. |
||
| 19 апреля 2011, С.А.Спирин | |||
| [задания] [подсказки] | |||
11. |
Простейший профиль: частотная матрица. |
||
| 26 апреля 2011, С.А.Спирин | |||
| [задания] | |||
12. |
Пакет Pftools. |
||
| 3 мая 2011, С.А.Спирин | |||
| [задания] | |||
13. |
Доделки |
||
| 10 мая 2011, Е.Аксянов | |||
| [дополнение к заданию 4] | |||
|
Объявление |
||
| Зачёт по биоинформатике для II курса будет проходить в пятницу 20 мая в компьютерном классе 208, начиная с 14:30. | |||