Подсказки к занятию 13

1. Разберитесь, как задать множество атомов, принадлежащих выбранному лиганду (обычно наиболее универсальный метод — использовать номер "остатка", к которому приписан лиганд).

   Выделив множество близких к лиганду атомов белка командой

    select within(5.0, xxx) and protein

   (где вместо xxx надо подставить множество атомов лиганда), выполните команду

    save h:\term1\practices\pr_13\nei.pdb

   затем откройте файл NEI.PDB редактором и выпишите номера остатков.

   Для создания выразительного изображения контакта остатка с лигандом удобно воспользоваться командой restrict.

2. Второе задание не должно вызвать затруднений.

3. Чтобы "определить" множество (то есть дать ему название), надо выполнить команду define:

    define name set
   

   где вместо name надо подставить какое-нибудь слово, не входящее в список предопределённых множеств, а вместо set — какое-нибудь выражение, задающее множество. Например, команда

    define myset 17-41:A
   

   присваивает множеству всех атомов остатков с 17 по 41 цепи A имя "myset". Если после выполнения такой команды выполнить команду:

    select myset
   

   то выделенным станет это множество, а, например, последовательность команд:

    restrict myset and oxygen
    cpk 300
    color green
   

   оставит в графическом окне только атомы кислорода из данных остатков в виде больших зелёных шариков. Кстати, нужные Вам химические элементы именуются oxygen, nitrogen, carbon, sulphur; атомы основной цепи — backbone.

   Если команды define записаны в скрипт, то правильно вставить в тот же скрипт также и описания определяемых множеств после команды echo, чтобы, запустив скрипт, можно было увидеть в командном окне новые названия для множеств.