Подсказки к занятию 12

  1. Скрипт (синоним — "сценарий") — это текстовый файл, который программа понимает как набор последовательных команд. Для создания скриптов надо использовать редактор FAR Manager. В текстовый файл mystructure.spt строчка за строчкой внесите все те команды, которые вы выполнили, чтобы получить нужное изображение. Пример простейшего скрипта: 
    
 restrict none
 select all
 wireframe
 pause
 select protein
 wireframe off
 backbone
 echo Enjoy the picture!

    Комментарии к примеру:

    Команда restrict none удаляет всякое изображение из графического окна.
    Команда select all делает выделенным множеством всю структуру – дальнейшие команды визуализации будут применяться ко всей структуре.
    Команда wireframe выводит в графическое окно изображение выделенного множества (в данном случае – всей структуры) в проволочной модели.
    Команда pause приводит к приостановке работы сценария: программа ждёт нажатия клавиши <Enter>.
    Команда select protein делает выделенным множеством весь белок – дальнейшие команды визуализации будут применяться к белку, но не к ДНК, воде или лигандам.
    Команда wireframe off удаляет из графического окна изображение выделенного множества (в данном случае – белка) в проволочной модели.
    Команда backbone выводит изображение выделенного множества в остовной модели.
    Наконец, команда echo выводит в командное окно текст, который следует за ней (в данном случае это призыв «Enjoy the picture!»).

    Как включить и выключить изображение в шариковой, остовной и ленточной моделях, см. в презентации или на wiki-странице, посвящённой RasMol'у.

    Подсказка: первые две строки вашего скрипта рекомендуется сделать точно такими же, как в приведённом примере.

  2. Сначала выполняйте команды непосредственно из командного окна; убедившись, что они дают нужный эффект, заносите их в скрипт.

    Постоянно следите за тем, какое именно множество является выделенным в данный момент!

  3. Подписать название и номер остатка (например, аргинина номер 57 из цепи B) можно последовательностью команд:

      select Arg57:B.CA
  label %n%r
    (в данном случае подпись будет расположена возле изображения Сα-атома).

    Как создавать подписи иного вида, смотрите в RasMol Help (в меню графического окна выберите Help →User manual → Command Reference → label).

  4. Перед экспортом картинки в виде GIF-файла рекомендуется сделать фон белым.