Подсказки к занятию 11

1. Чтобы вывести иконку программы Putty на рабочий стол, найдите исполняемый файл этой программы: Start → Search → All files and folders; пишете "Putty" в качестве имени файла и нажимаете "Search". Через какое-то время в основном окне появится ряд находок, Вам нужна та, что помечена "Application". Создайте иконку: щёлкните по имени исполняемого файла правой кнопкой мыши и в выпавшем меню выберите "Create Shortcut" (на вопрос, создать ли иконку на рабочем столе, ответьте утвердительно).

   Запустив Putty, в окошке "Host name" пишете "kodomo-count.fbb.msu.ru", в переключателе Protocol ставите точку против "SSH" и нажимаете "Open". Машина попросит ввести login и пароль — они такие же, как в компьютерном классе.

   Перед вами возникнет приглашение ввести команду машины kodomo-count. При этом активной диреторией будет ваша домашняя директория, которая из-под Windows в компьютерном классе видна как сетевой диск H. Чтобы попасть в поддиректорию, наберите команду cd и затем после пробела имя поддиректории, например:

    cd Term1
   

   Чтобы команда исполнилась, надо нажать клавишу Enter. Попав в нужную директорию, можно выполнять команду get_pdb. Впрочем, можно и не менять директорию, а выполнить get_pdb в своей домашней директории, а потом уже средствами Windows перенести полученный файл в нужную директорию (но вот оставлять файл в корне диска H не следует — это небрежность, и подобное при работе на компьютере рано или поздно приводит к печальным последствиям).

2. При запуске программы RasMol открывается сразу два окна: графическое и командное. Удобно расположить окна так, чтобы содержимое (или хотя бы значительная часть содержимого) обоих было видно одновременно.
    
3. Чтобы набирать команду в командном окне, необходимо сделать его активным (щёлкнув мышью по нему или по его «изображению» на панели задач). Набранная команда выполняется после нажатия клавиши <Enter>.
    
4. Перед экспортом картинки в виде GIF-файла рекомендуется сделать фон белым:

     background white

5. Для заполнения шаблона используйте следующие поля документа PDB:

   • HEADER содержит заголовок структуры

   • TITLE содержит название структуры (если оно занимает несколько строк, то строки, начиная со второй, помечены числами 2, 3, ...)

   • COMPND содержит информацию о цепях макромолекул (белков и нуклеиновых кислот): после слова CHAIN следует перечисление идентификаторов цепей.

   • SEQRES содержит последовательности каждой из цепей (а также в явном виде число остатков).

   • HET, HETNAM, FORMUL содержат информацию о низкомолекулярных веществах (лигандах, ионах и молекулах воды), а также о нестандартных остатках цепей. В поле HET последовательно перечислены: ID молекулы, идентификатор цепи, к которой (условно) приписана молекула, (условный) номер в этой цепи, число атомов в молекуле. В полях HETNAM и FORMUL для каждого типа имеющихся молекул приведена "расшифровка" их ID в виде, соответственно, названия и химической формулы.

   Названия (всей структуры и отдельных молекул) приведите по-английски (скопируйте из PDB-файла), кроме того, желательно привести также их русские эквиваленты, если Вы можете их перевести.