Материалы к занятию 10

Задания

Заведите директорию Practice10; требуемые файлы должны находиться в ней.

Изобразительные работы данного задания выполняются в редакторе ACD ChemSketch; в отчёт надлежит вставить эти рисунки (будут ли они при этом скопированы и напрямую вставлены в документ или экспортированы в виде рисунка – не столь принципиально).

Помимо отчёта, результатами работы по занятию является файл ChemSketch со всеми построенными структурами. Для удобства (как при создании изображений, так и при их изучении) экономить место, мельчить и складывать рисунки в общую кучу не стоит. Лучше создавать новую страничку в файле – ChemSketch позволяет это делать без ограничений.

NB! Сам отчёт должен представлять собой не набор топорных односложных ответов, а цельнометаллический складный рассказ, дабы читатель понимал, о чём идёт речь, не выясняя при этом, что подразумевалось под пунктом «1» задания, и не выискивая, кому какой белок достался. Рисунки, конечно, стоит подписывать, чтобы они не жили своей собственной жизнью, а выглядели гармоничным продолжением текста.

1. Сначала изобразим структуру соединений, доставшихся в ходе Большой Викторины при входе (см. P:\y08\Term1\Practices\Pr_9_ChemSketch\Compounds.xls). Формулу соединений надо поискать в интернете (и не забыть в отчёте указать источник! Совсем здорово, если будет также и краткая информация о значении соединения в народном хозяйстве).

Для соединения надо привести плоскую структуру (не позабыв оптимизовать её, дабы она выглядела ровно и приятно, а не как из-под кисти Великого Комбинатора), а также попытаться оптимизовать её в пространстве. После оптимизации следует позаботиться о том, чтобы все атомы были видны, а связи не закрывали друг друга.

2. Затем обратимся к белкам, порученным нам на исследование. Рассмотрим подробнее третью аминокислоту белка (когда в отчёте зайдёт о ней рассказ, не забудем указать, что за белок и какая аминокислота в нём идёт третьей по счёту).

а) нарисуем химическую структуру третьей аминокислоты белка. Вспомнив о различных пространственных конформациях, изобразим как L, так и D форму аминокислоты, сделав подписи, согласно примеру:

б) для L-формы аминокислоты проведём 3D оптимизацию и определим, какие связи и как выходят из плоскости, составленной из атомов N–C–C.

3. На новой странице изобразим схематически реакцию образования пептидной связи между второй и третьей аминокислотами белка (во всей красе, т.е. на схеме должны быть представлены реагенты и итоговый продукт).

4. На новой странице нарисуем трипептид, образованный второй, третьей и четвертой аминокислотами белка; красным цветом (для наглядности) выделим остов пептида и представим всё это благообразие в отчёте.

Bonus track task. Если занятия рисованием произвели благоприятные впечатления, можно попробовать свои силы в изображении более сложных структур – эстрадиола либо рибофлавина (на выбор). Разумеется, необходимо провести плоскую и пространственную оптимизацию сделанныъ изображений.