Материалы к занятию 10

Ключевые слова:

Векторная и растровая графика. Химическая структура. D и L формы аминокислот.

Пространственная структура. Структуры и реакции. ACD ChemSketch.

Подсказки к ChemSketch

• Для создания новой страницы выберите пункт меню Pages → New.

• Создание структуры производится в режиме Structure (а не Draw) — см. во второй строчке верхнего меню, слева. Режим Draw предназначен для работы с изображением как с рисунком, а не как со структурной схемой соединений.

• Для рисования структурной формулы выберите инструмент Draw normal (5я слева кнопка в третьей строчке верхнего меню).

• Атомы выбираются из левого меню (и вставляются щелчком мыши), связи протягиваются при удерживании левой кнопки мыши.

• Чтобы превратить одинарную связь в двойную, щелкните по этой связи; следующие щелчки вернут ее в одинарную. Для изменения типа атома (например C на N) достаточно просто выбрать новый тип из панели слева и щелкнуть по объекту изменения. Внимательно изучив панель, подобным же образом можно изменить заряд и прочие свойства атома.

• Для установления заряда служит инструмент Increment Charge — предпоследняя кнопка снизу в левом меню. Переключение "+" на "–" и наоборот выполняется в подменю, вызываемом щелчком по белому уголку.
  Активно пользуйтесь заготовками, список заготовок можно вызвать, нажав клавишу F5.

• Для копирования рисунка выберите инструмент Select/Move (крайняя левая кнопка в третьей строке верхнего меню), обведите рисунок прямоугольником, далее — обычные <Ctrl+C>, <Ctrl+V>.

• Выделенные части рисунка, например, атомы, можно передвигать. При этом будут также передвигаться ассоциированные с этим атомом химические связи. Соответственно, при удалении атома исчезают все ассоциированные с ним связи.

• Замена связи на символы "связь выходит над плоскостью рисунка" и "связь уходит под плоскость рисунка" – с помощью соответствующих инструментов из верхнего меню, третья строка.

• Для внесения подписей выберите режим Draw (а не Structure). В левом меню, третья кнопка снизу, найдете инструмент, позволяющий создать окно для текста.

• Для внесения самого текста выберите инструмент Edit text — 4-ая кнопка слева в третьей строке верхнего меню.

• Изображение копируется в другие программы Windows обычным способом (выделение → <Ctrl+C> → <Ctrl+V> ). Не забывайте писать заголовок документа и подписывать картинки.

• Новое окно создается в меню Pages. Оптимизация рисунка (как плоская, так и пространственная) проводится с помощью соответствующих инструментов (вызываемых кнопками на верхней панели). После оптимизации может понадобиться перемещение/поворот изображения для лучшей наглядности.

• Для изображения реакции используются знаки "+" и "=>" (найдите соответствующие инструменты в меню и поставьте нужные знаки в рабочее поле).

• Для объединения двух аминокислот в дипептид достаточно перетянуть мышкой атом азота одной на атом кислорода другой.

• Если опция Clean Structure плохо работает (или не работает) на трипептиде, можно попробовать сначала привести структуру дипептида к традиционному виду ­– атомы N–C_–C–N–C_–C–N–C_–C идут зигзагом (после этого, возможно, и Clean Structure сработает).

• Для покраски объекта (атома либо связи) надлежит вначале выделить их (инструмент Select/Move) в остове пептида. Выделять объекты можно как одновременно группой (окружая их прямоугольником или лассо), так и по одному (удерживая Shift, выделять их все по одному). Новые версии программы позволяют задавать разные свойства для объектов выделенного диапазона, разделяя их по типам (например, для атомов и связей или же различно настраивать представление одинарных/двойных связей или атомов разного типа). Двойной щелчок по выделенному объекту приводит к появлению окна «Properties» в котором можно задать требуемые свойства.