Содержание и формат отчета "Исследование структуры тРНК"

  1. Краткое описание структуры в файле XXXX.pdb

    2. В файле приведены координаты атомов следующих молекул (указать организм, привести названия всех молекул, указать их количество).
    Для исследования была выбрана цепь ____, представляющая _______________тРНК со следующей последовательностью:

    образец [901] 5' - U C C DHU A.....A - 3' [970],

    где 901 и 970 - номера первого и последнего нуклеотида.
    Отметить, есть ли в последовательности на 3'-конце триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота. И приведены ли координаты его атомов.

  2. Исследование вторичной структуры

    3. С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями (ссылка на выходной файл). В соответствии с полученными данными
    акцепторный стебель состоит из участка 201-206 и комплементарного ему участка 265-270.
    Т-стебель....................
    D-стебель..........................
    антикодоновый стебель.............................

    Создайте скрипт для получения в RasMol изображения остова исследуемой тРНК, где акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжевым. Картинку в формате gif и текст скрипта вставьте в таблицу
    Рис.1. Вторичная структура _________тРНК из_____________ Скрипт для получения изображения

    Структуру стеблевых дуплексов поддерживают _(число)_ канонических и _(число)_ неканонических пар оснований.
    Если обнаружены такие неканонические пары, то приведите картинку одной из них.

    Желательно отметить также
    а)наличие или отсутствие вариабельной петли (№№ нуклеотидов);
    а)наличие или отсутствие остатка тимидина в Т-петле (№ нуклеотида);
    а)наличие или отсутствие дигидроуридинов в D-петле (№№ нуклеотидов);

    *Дополнительное задание. Попробуйте найти антикодон в антикодоновой петле. На рис.1 покажите эти нуклеотиды в шарнирной модели.

  3. Исследование третичной структуры

    4. 1. Исследуйте возможность стекинг-взаимодействия между основаниями конца акцепторно стебля и начала Т-стебля (и/или между антикодоновым и D-стеблем). Приведите данные в пользу стекинг-взаимодействия и картинку, иллюстрирующую наложение оснований (см. задание 7, упр.3).
    2. Есть ли дополнительные водородные связи между основаниями D- и Т-петель? Если есть, то укажите номера нуклеотидов в структуре, количество канонических и неканонических пар, приведите картинку, иллюстрирующую водородные связи в какой-либо из таких пар, на картинке приведите только основания и их номера.

  4. Предсказание вторичной структуры тРНК

    5. Приведите результаты выполнения задания 9: таблицу, рисунок, полученный с помощью mfold, не забудьте привести параметры использованных программ, а также краткие выводы. Желательно описать процедуру подбора параметров.