Занятие 5. Работа в командной строке Linux. Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice5.

Обязательные задания

Смена активной директории и просмотр содержимого директорий.

• Посредством программы "putty" войдите на машину kodomo-count.cmm.msu.ru (по протоколу ssh).
• Выполните команду "ls". Опишите в Вашем протоколе, что произошло.
• Выполните команду "ls ..". Опишите, что Вы увидели.
• Выполните команду "cd ..", а затем команду "ls". Опишите.
• Повторяйте пару команд предыдущего пункта, пока картина не перестанет меняться. Сделайте вывод.
• Выполните "cd" (без параметров), чтобы вернуться в домашнюю директорию. Выполните "pwd", опишите, что, по Вашему мнению, делает эта команда.
• Сделайте активной созданную Вами в начале занятия директорию Practice5. Указание: команда "cd X" делает активной поддиректорию X текущей директории. Просмотрите содержимое директории командой "ls".

 

Создание и просмотр файлов.

Внимание! Все дальнейшие упражнения следует выполнять, имея в качестве активной директорию Practice5.
 

• Выполните команду

  
   seqret sw:p00000 -auto
  

  подставив вместо "p00000" код доступа своего белка в банке Swiss-Prot. После этого выполните команду "ls" и убедитесь, что в директории появился новый файл. Выполните команду "more X", подставив вместо X имя нового файла. Что вы увидели?
   
• Выполните команду

   entret sw:p00000 -auto
  

  (аналогично заменив "p00000"). Выполните команду "ls" и убедитесь, что в директории появился новый файл. Выполните команду "more X", подставив вместо X имя нового файла. Что вы увидели? Нажмите несколько раз клавишу <Enter> , затем клавишу "пробел". Что содержит новый файл?

 

Некоторые способы облегчения работы в командной строке.

• Понажимайте клавиши "стрелка верх" и "стрелка вниз", опишите свои впечатления.
• Выполните команду "history". Что она выдает?
• Выберите в своей директории файл, первая буква названия которого отличается от первых букв всех других файлов (если такого файла нет, создайте его). Наберите в командной строке "more", затем после пробела — первую букву имени файла, затем нажмите клавишу <Tab>. Полюбуйтесь на результат (затем можно и <Enter> нажать, если хотите).

Программа полного парного выравнивания needle

Пользуясь программой seqret, создайте файл с последовательностью белка, родственного вашему (см. упр. 2 выше). Выполните команду:

 needle x.fasta y.fasta z.needle -auto

где вместо x.fasta и y.fasta должны стоять имена файлов с последовательностями белков, вместо z.needle — какое-нибудь новое имя файла (желательно окончание .needle). Файл с этим именем должен появиться в соответствующей директории диска H. Просмотрите его содержимое и опишите в протоколе, какого рода информацию содержит этот файл.

Задание штрафов за гэпы, отличных от заданных по умолчанию. Повторите предыдущую команду (можно воспользоваться клавишей "стрелка вверх"), но измените имя выходного файла и опустите опцию "-auto". Программа спросит Вас о значениях параметров. Дайте параметрам вдвое большие значения, чем заданные по умолчанию (сообщаются в квадратных скобках). Изменилось ли выравнивание из-за изменения параметров?

Получение выдачи в формате, пригодном для импорта в GeneDoc. Запустите программу needle (см. выше), добавив опцию "-aformat msf"; название выходного файла должно кончаться на .msf. Откройте полученный файл программой GeneDoc.