Занятие 2. Поисковые системы

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice2.

Обязательные задания

  1. Найдите Ваш белок в банке SwissProt, пользуясь системами MRS (http://mrs.genebee.msu.su/mrs-3/), SRS (http://srs.ebi.ac.uk/) и поисковой машиной Expasy (http://www.expasy.ch/). Откройте в трёх окнах соответствующую запись SwissProt в трёх "дружественных" видах. Кратко опишите в протоколе впечатления от сравнения этих трёх видов. Обращайте внимание, в частности, на то, как представлены "особенности" последовательности (поле FT).
     
  2. В SRS найдите страницу с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt. Пользуйясь возможностями, предоставляемыми этой страницей, ответьте на вопросы (ответы внесите в протокол):
     
  3. Пользуясь SRS, составьте несколько запросов к банку SwissProt, призванных найти белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией Вашего белка. Заполните таблицу:

    Запросы

    Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     

     
  4. Выберите один из вариантов запроса из предыдущего задания и сохраните найденные последовательности в fasta-формате (в файл с расширением "fasta").
См. указания.

  Если все обязательные задания сделаны, можете приступать к дополнительным заданиям.