| pwd |
сообщает полное имя текущей директории |
| ls |
показывает содержимое текущей директории |
| cp <имя файла 1> <имя файла 2> |
копирует файл 1 в файл 2 |
| mv <имя файла 1> <имя файла 2> |
переименовывает файл |
| mv <имя файла> <имя поддиректории> |
перемещает файл в поддиректорию |
| rm <имя файла> |
уничтожает файл |
| mkdir <имя поддиректории> |
создает поддиректорию |
| cd <имя поддиректории> |
переход в поддиректорию |
| cd .. |
выход из поддиректории (переход в родительскую директорию) |
| more <имя файла> |
просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter") |
| man <команда> |
выдает подробную информацию о команде |
| <Ctrl+C> |
экстренное прерывание выполняемой программы |
| seqret |
принимает на вход последовательность и кладёт её в файл
(по умолчанию — в fasta-формате) |
| |
Примеры:
seqret sw:p41407 p41407.fasta
в файле "p41407.fasta" окажется последовательность белка
или белков, имеющих в Swiss-Prot номер доступа P41407.
seqret sw:p41407 -auto
то же, но программа сама придумает имя для файла |
|
|
| entret |
извлекает из банка заданную запись и полностью помещает её
в файл |
| |
Пример:
entret sw:p41407 p41407.sw
в файле "p41407.sw" окажется полная запись банка
Swiss-Prot, имеющая код доступа P41407 (несколько полных записей, разделённых
"//", если этот код соответствует нескольким записям). |
|
|
| needle |
Полное парное выравнивание (алгоритм Нидельмана – Вунша) |
| water |
Частичное парное выравнивание (алгоритм Смита – Уотерманна) |
| matcher |
Частичное парное выравнивание с возможностью выдачи нескольких вариантов |
| | Пример:
needle sw:p41407 sw:p43013 p41407-p43013.needle -auto
в файле "p41407-p43013.needle" окажется полное выравнивание
последовательностей белков из соответствующих записей Swiss-Prot.
|
| | Если опустить "-auto", программа спросит о
параметрах для штрафов за гэпы. Вместо ссылок на банки можно ставить имена файлов.
|
|
|
| wossname |
справка по командам EMBOSS |
| | Примеры:
wossname alignment
на экран будет выдан список программ EMBOSS, в описаниях
которых встретилось слово "alignment".
wossname -auto | more
на экран будет выдаваться список всех программ EMBOSS, который можно листать
нажатием клавиши "пробел".
|
|
|
| tfm |
подробное описание программы из пакета EMBOSS |
| | Пример:
tfm needle
|