Указания к занятию 4

1. GeneDoc
   • Как запустить GeneDoc в компьютерном классе?
     Найдите (Start → Search и т.д.) исполняемый файл GeneDoc.exe и выведите на рабочий стол ссылку на него; дальнейшее понятно.
      
   • Как установить GeneDoc на свой компьютер?
     Скачать с сайта http://www.nrbsc.org/gfx/genedoc/ дистрибутив и запустить его.
      
   • Как импортировать последовательности в GeneDoc?
     В меню File выбираете Import. В открывшемся окошке выбираете указываете формат "Fasta (Pearson)" и нажимаете "Import". Выбираете файл, затем "Open" и "Done".
      
   • Как редактировать выравнивание?
     1 способ. Включите режим "Grab and drag sequences". Это можно сделать либо в меню Arrange, либо комбинацией <Ctrl+A>. В этом режиме можно "цеплять" мышью участки последовательности и сдвигать их.

     2 способ. Режимы "Insert gap into sequence" и "Delete gap from sequence" в меню Arrange. В этих режимах можно вставлять/убирать гэпы щелчком мыши.

   
    
2. Blast 2 sequences
   Чтобы выравнивать аминокислотные последовательности, надо в меню Program выбрать "blastp". В поле "Sequence 1" скопируйте либо последовательность вашего белка в fasta-формате, либо просто его первый AC или ID. В поле "Sequence 2" положите фрагмент, координаты которого Вы хотите найти. Нажмите Align и дождитесь результата. Результат состоит из двух частей: карты локального сходства (в данном случае она не слишком информативна), и выравнивания, в котором "Sequence 1" фигурирует под именем "Query", а "Sequence 2" — под именем "Subject".
    
3.  
   Если в упражнении 3 программа отвечает "No significant similarity was found", то прежде всего проверьте, установили ли Вы "blastp" в меню "Program".