Указания к занятию 2

  1. Как добыть нужный документ UniProt?

    Пусть код доступа (AC) вашей записи P0X000, идентификатор — XXX_ECOLI.

    На сайте Expasy: в окошке Search выберите Swiss-Prot/TrEMBL, в окошко for внесите код доступа (AC) или идентификатор (ID) белка; нажмите Go.

    В системе MRS: в окошке Search выберите Swiss-Prot, в окошко for внесите id:xxx_ecoli или ac:p0x000, нажмите <Enter> на клавиатуре или кнопку Search на странице. Когда появится результат поиска, пойдите по гиперссылке.

    В системе SRS: перейдите на Library Page. Отметьте checkbox против названия банка: UniPRotKB/Swiss-Prot. Нажмите "Standard Query Form". В одном из полей запроса выберите ID и внесите в окошко XXX_ECOLI, или же выберите AccessionNumber и внесите в окошко P0X000. Нажмите Search. Последуйте по гиперссылке в левом столбце таблицы.
     

  2. Как в SRS выйти на страницу с описанием поля?
    На странице с описанием поля можно внести в окошко слово или (используя *) его часть и нажать "List values", чтобы посмотреть, содержится ли слово в индексах.
     
  3. Что такое строка запроса?

    Строка запроса содержится в верхней части страницы с результатами, в окошке "Query".

    При составлении запроса имейте в виду, что слова, входящие в описание вашего белка, приндексированы независимо друг от друга, поэтому имеет смысл вводить их по одному, соединяя знаком &.

    Если описание содержит несколько синонимов (в таблице синонимы названы "формулировками функции"), то имеет смысл сделать несколько запросов — по одному на каждый синоним. Если синонимов нет, ограничьтесь одним запросом.
     

  4. Как в SRS сохранить результаты поиска? В левой колонке страницы с результатами имеется кнопка "Save". Нажмите её и внимательно рассмотрите все возможности, предоставляемые появившейся страницей. При должной внимательности трудностей возникнуть не должно.