Занятие 6. Банк EMBL

В директории Term3 создайте поддиректорию Practice6, а в ней — файл отчета practice6.doc.

1. Внесите в файл отчета дату и номер последнего релиза EMBL. Составьте список разделов банка EMBL с указанием числа записей в каждом разделе последнего релиза и заполните таблицу:

   Разделы банка EMBL

   Раздел	Русское название	Число записей
   ...	...	...

   Для таксономических разделов приведите их русские названия.
    

2. В документе SwissProt, описывающем ваш белок, найдите все ссылки на банк EMBL. Получите записи EMBL, соответствующие двум произвольным ссылкам. Убедитесь, что в этих документах действительно содержатся описания кодирующей ваш белок последовательности. Изучите документы и заполните таблицу:

   Записи EMBL, описывающие последовательности, кодирующие белок такой-то

   	I	II
   ID
   AC
   Тип молекулы (ДНК/РНК)
   Длина посл-ти в записи
   Раздел банка
   Начало гена в записи
   Конец гена в записи
   Направление гена
   Дата последнего изменения документа
   Примечания

   В графе "направление гена" пишите "прямое" или "обратное" в зависимости от того, содержит ли запись EMBL последовательность той цепи ДНК, на которой расположен ген, или комплементарной ей.
    
3. Извлеките из двух записей EMBL последовательности, кодирующие ваш белок, в виде отдельных файлов. Сравните их. Укажите в отчете процент различий; если последовательности совпадают не на 100%, приведите список различий (в виде таблички: позиция от начала кодирующей последовательности; нуклеотид в первом варианте; нуклеотид во втором варианте; позиция в кодоне: 1, 2 или 3; синонимична ли замена).
    
4. Изучите документ EMBL с идентификационным номером BA000025. Схематично изобразите структуру транслируемых участков указанного гена (изобразите только первый и последний транслируемые участки). Если описание положения гена содержит особенности, то опишите их. Примеры:
   

   Ген на прямой цепи

       --[100..300]--...--[600..900]--->
   

   Ген на комплементарной цепи

       <-[100..300]--...--[600..900]----