Занятие 2. Структура ДНК

В директории Term3 создайте поддиректорию Practice2.

Основная цель задания — построить модели двух форм пространственной структуры ДНК (А-формы и В-формы), провести анализ структур и выявить различия между формами.

1. С помощью программы Рutty, используя протокол ssh, подсоединитесь к серверу kodomo-count.cmm.msu.ru. Перейдите в директорию Term3/Practice2.
2. С помощью программы fiber пакета 3DNA постройте A- и B-форму дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 4 раза повторенную последовательность "gatc". Структуру дуплекса в А-форме сохраните в файле gatc-a.pdb, а структуру дуплекса в В-форме сохраните в файле gatc-b.pdb.
3. Откройте полученные файлы в Rasmol. Установите направление закрутки спирали, размер одного витка спирали, количество оснований в этом витке. Результаты ваших наблюдений занесите в таблицу документа Word, сохраните документ в файле c названием analysis.doc.

   	Тип спирали (правая или левая)	Шаг спирали (Å)	Число оснований на виток спирали
   А-форма
   B-форма

4. Проведите анализ Ваших структур, используя средства пакета 3DNA (find_pair, analyze). В файле analysis.doc приведите результаты сравнения структурных параметров двух форм ДНК: водородных связей и значений конформационно важных торсионых углов (alpha, beta, gamma, delta, epsilon, zeta, chi.). При сравнении углов используйте все нуклеотиды первой цепи для каждой формы. Ваша таблица должна ярко иллюстрировать различия между А- и В-формами.
5. Получите изображения Ваших структур в виде стопочных моделей; как вид сверху, так и вид сбоку. Добавьте полученные изображения в файл analysis.doc.