Занятие 13. Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов.

Ваша задача — получить 4 реконструкции филогенетического дерева (рисунок и скобочную формулу) и сравнить результат с "истинным" деревом Вашей модели.

  1. Создайте выравнивание последовательностей, соответствующих листьям Вашего дерева, т.е. последовательностей, являющихся окончательным результатом смоделированной Вами эволюции.

  2. Определите эволюционные расстояния по Джуксу – Кантору между последовательностями полученного выравнивания с помощью программы ednadist, разумным образом отвечая на вопросы (в частности, на вопрос "Transition/transversion ratio" разумно ответить "1.0", поскольку в нашей эволюционной модели транзиции и трансверсии не различались). Полученную матрицу сохраните в протоколе.
    Внимание: надо получить квадратную (не треугольную) матрицу попарных расстояний!

  3. Постройте филогенетические деревья: Программы могут потребовать на входе либо матрицу попарных эволюционных расстояний, либо просто выравнивание.
     
  4. Оцените, насколько реконструируется исходная топология филогенетического дерева.
    Для этого опишите топологию полученных деревьев в таблице следующего вида:

    Табл.1. Cравнение топологии исходного филогенетического дерева модели и 4-х вариантов его реконструкции

    Ветвь Исходное дерево
    модели
    UPGMA NJ ML Parsimony
    ABCDEF
    110000 + + +
    001100 + + +
    ...   ... ...    

    В табл. рассмотрите все внутренние (а почему только внутренние, Вы должны уже понимать) ветви, которые встретились хотя бы в одном из 5-ти деревьев.

  5. В завершение кратко опишите свои выводы из сравнения деревьев, ответив на следующие вопросы:

    При сравнении разных методов реконструкции имеет смысл обратить внимание на следующее:


     
  6. * Желающие могут попробовать получить графическое изображение дерева с помощью программы TreeView. Для этого надо в программе открыть файл со скобочной формулой дерева, выбрать нужный на Ваш взгляд тип отображения, а затем сохранить дерево как графический метафайл (*.еmf).
    Рисунок из такого файла можно вставить в документ Word, перенести в Paint и сохранить в формате gif. При выборе типа отображения имеет смысл обратить внимание на то, укорененное перед Вами дерево или нет. Хорошо, если получившиеся картинки будет легко визуально сравнивать.

Формат отчета — HTML-страничка, на которой приведены: