Задания (практикум 9)

Скопируйте в свою рабочую директорию (H:/Term3/Practices/Practice9/) файл res9.doc из директории P:/y03/TERM3/Practices/Pr_9. Это будет ваш файл отчета.

Объектом изучения является рибосомальный белок S12. Это один из наиболее консервативных (медленно эволюционирующих) белков малой субъединицы рибосомы бактерий.

1. Получите аминокислотную последовательность рибосомального белка S12 и нуклеотидную последовательность его гена для бактерий Escherichia coli и Yersinia pestis. Приведите идентификаторы (ID) и номера доступа (AC) документов (записей соответствующих банков), в которых описаны данные последовательности, и координаты этих последовательностей в документах (Таблица 1).
Подсказки. ID нужных документов SwissProt — RS12_ECOLI и RS12_YERPE. Перевод документов из банка в файл — команда entret. Ссылки на документы EMBL имеются в поле DR документа SwissProt. Не забудьте, что из документа EMBL Вам нужна не вся нуклеотидная последовательность, а лишь CDS белка S12. Вырезать часть последовательности можно командой
seqret aaaa.embl -sbeg 25 -send 48
(предполагая, что из последовательности, записанной в файле "aaaa.embl", нужен кусок с 25-го по 48-й нуклеотиды включительно — подставьте свои файлы и числа).

2. Постройте глобальное выравнивание аминокислотных последовательностей и глобальное выравнивание соответствующих нуклеотидных последовательностей. Занесите в протокол значения процента идентичности (identity) для обоих выравниваний (Таблица 2). Сравните полученные значения и сделайте выводы.
Указание: глобальное выравнивание делают две программы EMBOSS: stretcher и needle — используйте любую.

Вычислите расстояние между нуклеотидными последовательностями по формуле Джукса – Кантора.

3. Анализируя фрагмент нуклеотидного выравнивания (301..360), заполните таблицу 3. На основании полученных данных рассчитайте значения Ka и Ks и их отношение.