Рекомендуемая структура директорий

Term_4

Credit_1 (файл ReadMe с названием семейства и, если нужно, комментариями о том что где лежит)

Texts (содержит Protocol, Referat и др. собственные тексты)

InTexts (содержит тексты статей, информацию из интернета и т.п.)

Sequences (все последовательности выборки)

Fasta (полная выборка посл-й в fasta формате и ничего больше)

msf (выравнивания полных посл-й семейства, отдельных доменов, подсемейств)

Detectors (детекторы семейств и подсемейств)

Pattern (файлы *.pat с паттернами, *.fuzzpro с результатами их применений)

HMM (файлы *.hmm с профилями, *.hmmscan с результатами)

Pftools (*.pf, *.pfscan)

3D (трехмерные структуры белков семейства)

Data (xls таблицы и др. файлы со сводными результатами)

Temp (для промежуточных файлов на сеанс работы; мое правило: садясь за компьютер, из этой моей директории могу удалить все файлы не разбираясь. А.Ал.)